1990年7月，從大連理工大學獲得博士學位後，他回到了家鄉河南，在鄭州工學院成為壹名普通的大學教師。短短兩年裏，由他和幾位教師成立的學校模具研究所便成為省級研究中心。1993年，經過6輪專家評審，他帶領組建了總經費近6000萬元的國家橡塑模具工程研究中心。這也是中國首批利用世行貸款建設的47個國家工程研究中心。
主要從事模具及橡塑制品成型技術的研究。主持了近30項國家和省部級的科研項目及企業委托的開發項目，在國內外首次提出將靈敏度分析理論用於模具優化設計，成功地解決了模具冷卻系統和澆註系統的優化設計問題；主持開發的塑料制品翹曲分析系統、註塑模三維冷卻模擬和流動模擬系統、橡塑成型過程人工智能技術及完成的註塑模CAD/CAE分析和設計系統Z-MOLD，解決了化工和輕工行業的許多技術問題。他先後完成組建鄭州工業大學模具研究所、計算機輔助工程系的工作，開創了全國第壹個“非金屬制品模具專業，為化工部“橡塑成型工藝及模具技術”重點學科建設和發展作出了重要貢獻。 2005年，申長雨教授主持承擔了“神七”航天員出艙宇航服頭盔面窗和相關塑料件的研制工作。他利用多年來的理論和技術儲備，歷時3年研制出了特殊環境下的高抗沖擊性、低應力和高光譜透過率的面窗制品，為2008年我國神七載人航天工程做出了貢獻。他所帶領的團隊，作為全國20個獲獎集體之壹，榮獲“中國載人航天工程突出貢獻獎”。
申長雨教授圍繞塑料成型及模具技術，完成了國家自然科學基金重大項目、國家傑出青年科學基金、攀登計劃、航天計劃、“863”計劃、國家“八五”、“九五”、“十五” 科技攻關、“十壹五”支撐計劃等國家和省（部）級重大科研項目20余項；出版6部著作，發表200余篇學術論文，其中被SCI、EI收錄120余篇；作為博士生導師，培養指導博士研究生20余名、碩士研究生110余名。
長期從事塑料成型加工、塑料模具優化設計與制造等領域的理論、技術和數值模擬方法的研究工作。作為第壹完成人，兩次獲國家科技進步二等獎。2008年獲河南省最高科技獎“河南省科學技術傑出貢獻獎”。