商務局和工商局區別很大，管的是不同的事務。工商局主要負責市場監管和行政執法，商務局主要負責招商引資、內外貿、縣內貿易流通等工作。
工商行政管理局的主要職責:
1，負責市場監管和行政執法，起草相關法律法規，制定工商行政規章和政策。
2.負責各類企業、農民專業合作社、從事經營活動的單位和個人、外國(地區)企業常駐代表機構的登記和監督管理，承擔依法查處取締無照經營的責任。
3、依法承擔規範和維護各類市場經營秩序的責任，負責市場交易和網上商品交易及相關服務的監督管理。
4.承擔流通領域商品質量監督管理責任，組織開展服務領域消費維權工作，按照分工查處假冒偽劣等違法行為，指導消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理和網絡系統建設，保護經營者和消費者合法權益。
5.負責查處違法直銷和傳銷案件，依法對直銷企業、直銷員及其直銷活動進行監督管理。
6.負責壟斷協議、濫用市場支配地位和濫用行政權力排除、限制競爭中的反壟斷執法(價格壟斷除外)。依法查處不正當競爭、商業賄賂、走私等經濟違法行為。
7.負責依法監督管理經紀人、經紀機構和經紀活動。
8.依法實施合同行政監督管理，負責管理動產抵押物登記，組織監督管理拍賣，依法查處合同欺詐等違法行為。
9.指導廣告業發展，負責廣告活動的監督管理。
10，負責商標註冊和管理，依法保護商標專用權和查處商標侵權行為，處理商標糾紛，加強馳名商標的認定和保護。負責特殊標誌和正式標誌的登記、歸檔和保護。
11.組織指導企業、個體工商戶和商品交易市場的信用分類管理，依法研究、分析和發布市場主體基本註冊信息和商標註冊信息，為政府決策和社會公眾提供信息服務。
12，負責對個體工商戶和私營企業的服務、監督和管理。
13，開展工商行政管理國際合作與交流。
14，領導全國工商行政管理工作。
15，承辦國務院交辦的其他工作。
商務局的職責:
1，貫徹執行對外經濟貿易和吸收外資的方針、政策、法律、法規和規章；結合本地區實際情況，會同有關部門研究制定對外貿易、經濟合作和吸收外資的政策和意見，並組織實施。
2、根據本地區國民經濟和社會發展總體規劃，研究制定本地區對外經濟貿易發展規劃和實施措施；負責全區招商引資和出口貿易統計工作，監督分析全區外經貿宏觀運行情況；負責海外市場開發和貿易促進。
3.制定全區招商引資措施並組織實施；建立招商項目數據庫，編制招商計劃，組織對外招商、洽談等活動，負責對外招商項目的咨詢代理。指導全鄉系統性招商工作。
4.在國家規定的權限內批準設立外商投資企業；按照規定權限審批外商投資項目的合同、章程及其變更；依法監督檢查外商投資企業執行有關法律、合同和章程的情況；管理和協調國外投訴。
5、按照有關規定，協助企業辦理對外經濟貿易經營權、生產企業自主經營權，並對其進行備案登記；協助上級部門管理出口配額和進出口許可證，研究推廣國際貿易慣例、壹般規則和各種新的貿易方式(包括電子商務)；依法負責國外反傾銷、反補貼和保障措施，指導和協調國外對我區出口商品的反傾銷應訴工作；引導出口廣告。
6、按照有關規定，負責審批在本地區設立境外貿易機構、企業和常駐辦事機構；負責申報使用外國政府貸款；指導和管理境外勞務輸出。負責加工貿易、轉口貿易和補償貿易的指導、協調、審批和管理。
7、負責本地區橫向聯合和經濟技術合作的日常事務，會同有關部門組織本地區大型經濟技術合作活動，促進跨地區、跨行業、跨部門的經濟技術合作。
8.指導和管理外商投資企業協會和中國國際貿易促進委員會海陵分會(海陵商會)的工作。
綜上所述，工商行政管理局與市場監督管理局的區別在於，市場監督管理局是由工商行政管理局、質監局、食品藥品監督管理局、物價局等部門合並而成。工商行政管理局是政府的市場監管和行政執法部門。
法律依據:
《工商行政管理行政處罰程序規定》第三條
辦案人員與當事人有直接利害關系的，應當回避；
第二十條
立案後，辦案人員應當及時調查、收集、取證，並可以依照法律、法規的規定進行檢查。首次向案件當事人收集、調取證據的，應當告知其有權申請辦案人員回避。向有關單位和個人收集、調取證據時，應當告知其有如實提供證據的義務。
第二十壹條
調查案件的調查人員不得少於兩人。調查取證時，辦案人員壹般應當穿著工商行政管理制服，出示《中華人民共和國工商行政執法證》。