近年來，庫區不斷加強環境保護和生態建設，積極開展生態環境整合。
在整治工程中，已建成4個自然保護區，水土流失治理面積超過1，000 km2。森林覆蓋率和城市綠化率有所提高，生態環境有所改善。然而，庫區生態環境惡化趨勢尚未得到有效控制，環境保護工作仍面臨幾大難題。
1.1水汙染嚴重。
1999年庫區廢水排放量* * * 10100萬t，COD總排放量27.8萬t，其中工業廢水7100萬t，近1/3工業廢水未達標。生活汙水3億t，集中處理率只有7.7%。根據1999長江水質綜合評價結果，長江重慶段17個監測斷面中，ⅱ類水體僅占5.9%，ⅲ類水體占17.6%，ⅳ類水體占70.6%，ⅴ類水體占5.9%。長江、嘉陵江、烏江重慶段大腸菌群、非離子氨、COD等10指標超標。庫區次級河流汙染較為嚴重，56%的斷面水質達不到水域功能要求。
三峽庫區整個城市河段中，水質受汙水影響的河段總長28.97km，寬2 ~ 150 m，其中重慶的汙染帶最長，占庫區汙染帶總長的74.7%。
1.2大量生活垃圾
庫區工業固體廢物年產量743.62萬噸，危險廢物39.5萬噸。歷年工業固體廢物貯存量達3000多萬噸，綜合利用率約43%。按照城市非農業人口人均產生生活垃圾1kg/d計算，三峽庫區生活垃圾總量為1.78萬t/a..目前只是基本清除出城進行簡單處理，無害化率僅為7.1%。各種廢棄物雜亂堆放，有的甚至直接傾倒在沿海。在雨水浸泡和洪水沖刷的影響下，大量汙染物流入河流，造成三峽水庫水體汙染嚴重，是造成三峽水庫水體大腸菌群超標和豐水期幹流水質惡化的主要原因之壹。
1.3船舶汙染越來越嚴重。
庫區船舶生活垃圾年產量約3萬t，其中入河約8000t，船舶生活汙水約654.38+08萬t，其中含油汙水約40萬t，COD約600t，石油類約654.38+000 t。農藥化肥汙染、水面集中式養殖汙染、鄉鎮企業汙染在庫區也很突出。1999年庫區農藥使用量達1160.6t，其中有機磷農藥占壹半以上。
1.4森林覆蓋率低，城市人均綠地較少。
多年的破壞性開墾、鄉鎮企業的無序發展和新城區的開發建設，嚴重破壞了原有的森林植被，導致庫區森林覆蓋率大幅降低，僅為22.3%。庫區兩岸大部分區縣的森林覆蓋率僅為7.5% ~ 13.6%，平均不到10%。而且林種結構不盡合理，成熟林、特種林、經濟林比例較低，中幼林比例極大。涪陵、豐都、奉節的中幼林比例甚至高達90%，基本沒有成熟林。庫區森林群落結構簡單，功能失調，植被呈逆向演替趨勢，由森林退化為灌草坡裸巖。
庫區各級城鎮綠化水平較低。重慶主城區人均綠地只有2.08m2，僅為全國城市綠地5.3m2的39.2%，人口350萬。
以上城市墊底。其他縣市就更少了。比如萬縣城區人均公共綠地只有1.8m2，奉節縣城只有0.3m2..
1.5生態失衡嚴重。
生物多樣性是生態平衡的重要指標，也是生態建設的重要內容。據統計，三峽庫區共有動植物資源6500多種，約占全國動植物物種總數的20%。
壹級保護動植物分別有8種和6種，二級保護動植物分別有35種和22種。
三峽庫區有豐富的第三紀孑遺植物。而是因為生物種群所依賴的森林
森林覆蓋率很低，海拔1000m以下的原始森林很少，導致林麝和豹貓。
而且庫區的虎豹瀕臨滅絕。壹些水生物種，如中國
壹級保護水生動物，如白暨豚、白鱘、中華鱘、揚子鱘，二級保護水生動物。
江豚、烏魚等動物都面臨著三峽水庫建成帶來的生態結構和健康的變化。
環境破壞的嚴峻形勢。這種情況直接威脅著它的生存，加速了它的瀕危。生長
如果這種狀態的惡化不能得到有效制止，就極有可能造成不可挽回的物種滅絕。
1.6嚴重水土流失。
三峽庫區山高坡陡，地質構造復雜，是我國地質災害嚴重的地區之壹。根據2000年移民部門復查資料，三峽庫區地質災害2萬多處，其中前緣在1.75m淹沒線以下的滑坡1.302處，體積33.34億m3。存在不同程度危險和潛在危險的區域有1，654，38+0.33個，占滑坡總數的87%。由於山體滑坡的影響，有405個村莊和60個城鎮決定搬遷。
三峽庫區水土流失嚴重。水土流失面積占國土總面積的62%，達到5002.55萬畝，每年流入河流的泥沙總量達到6543.8+0億t以上，這必然增加三峽水庫的泥沙含量。雖然三峽大壩設計有清淤孔，但無法解決庫區600公裏河道的清淤問題。只有加強生態建設，保持水土，才是解決問題的根本。
1.7生態環境的汙染從城市變成了城市。
農村的快速擴張、城市化進程的加快和鄉鎮企業的無序發展，加劇了環境汙染從城市向農村的擴散。酸雨的範圍已經明顯擴大到遠郊，pH 4.5的等值線區域幾乎已經覆蓋了整個庫區。90%以上的地區為酸性降水區，多年酸雨頻率為60% ~ 90%，多年酸雨平均pH值在4.3左右。庫區每年因大氣汙染造成的直接經濟損失達20億元。
造成上述問題的主要原因是:產業布局不合理、城市基礎設施嚴重不足、惡化生態環境的粗放型增長方式、能源消費結構不合理、環保投入嚴重不足、環境管理薄弱等。隨著西部大開發和生態建設的拉開序幕，這些問題正在逐步得到解決。如長江流域(以三峽庫區及其上遊為重點)、黃河流域(以小浪底及其以上為重點)被列入“十五”水汙染控制重點；實施天然林資源保護、退耕還林還草和防沙治沙工程；重慶實施以三峽庫區為重點的“青山綠水”工程和以主城區為重點的“山水田園城市”工程；自1990以來，已有6000多名外國專家、學者、國際組織和政府機構代表到重慶進行環保考察和交流。重慶被列為中國環境合作示範城市，並獲得世界銀行環保貸款。
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