2、確認。縣級農業（畜牧）部門組織專業技術人員指導協助項目單位申報，負責審核推薦，提出每個場推薦理由（項目的必要性、可行性、是否在非禁養區等），制作PPT材料（包括養殖場全景、設施設備情況和糞汙處理模式設施照片），與縣財政局聯文報設區市匯總。設區市農業部門認真審核申報材料，並與縣級農業（畜牧）部門***同逐場察看，提出審核意見，將項目申報書、PPT材料和申請匯總表上報省農業廳。不符合申報條件的壹律不上報。
3、評定。省農業廳會同省財政廳組織專家評審，按照競爭性原則進行篩選立項，並在福建農業信息網公示，公示7天無異議後批復實施。
4、驗收。項目單位要嚴格按照建設內容抓緊實施，建成後及時向縣級農業（畜牧）部門提出驗收申請，縣級農業（畜牧）部門接到項目單位驗收申請後的10天內，根據項目建設內容、建設標準和驗收辦法，會同縣級財政部門，邀請縣級監察部門參與，組成驗收組實地初驗收。市級農業部門根據各縣初驗情況，會同財政部門，並邀請監察部門參與，組成驗收組實地驗收，主要查驗項目建設內容完成情況，賬務建立情況和是否達到零排放或達標排放等。對驗收合格的，7天內出具驗收報告。驗收不合格的，驗收組及時向項目單位提出書面整改意見，項目單位按時按質按量整改完成後，提出第二次驗收申請。對經第二次驗收後仍然不合格的，取消補貼資格。市級農業部門對驗收合格的匯總上報省農業廳壹式兩份、省財政廳壹份。驗收組織單位需對提供的驗收結果真實性負責。對擅自降低驗收標準，套取補貼資金的，將追究驗收人員、組織驗收單位責任，並取消補貼資格，暫停該縣下壹年度補貼項目。
5、撥付。縣級農業（畜牧）、財政部門根據驗收結果，將擬下達的補貼項目公示7天無異議後，撥付補貼資金。