南南合作通常指發展中國家間的經濟和技術合作。20世紀60年代後，第三世界國家為聯合自強，並增強與北方發達國家對話與談判的力量，改變在國際經濟中的不利處境，開始加強相互間的經濟合作，南南合作隨之興起。77國集團、石油輸出國組織等發展中國家的區域和跨區域合作組織相繼成立。90年代後，經濟全球化迅速發展，南北差距不斷擴大，壹些發展中國家未能從全球化中受益，反而面臨著被邊緣化的危險，增強了南南合作的緊迫性。發展中國家維護自身利益，要求聯合自強的勢頭明顯加強。
中國壹貫支持並積極參與南南合作。胡主席在2005年9月聯合國首腦會期間，出席了發展籌資高級別會議，並提出我國加強與發展中國家經濟合作的五點倡議，即：1.給予所有同中國建交的39個最不發達國家部分商品零關稅待遇。2.在今後兩年內，全部免除或以其他處理方式消除所有同中國有外交關系的重債窮國2004年底前到期未還的全部無息政府貸款。3.向發展中國家提供100億美元優惠貸款，用以幫助發展中國家加強基礎設施建設，推動雙方企業開展合作。4.增加對發展中國家特別是非洲國家的相關援助，為其提供防瘧特效藥，幫助它們建立和改善醫療設施，培訓醫務人員。5.今後3年內，為發展中國家培訓、培養3萬名各類人才。
中國以“77國集團加中國”的方式與77國集團成員國及廣大發展中國家開展政治、經濟、社會等領域的合作。2000年，李嵐清副總理率團出席了77國集團在古巴哈瓦那召開了第壹屆南方首腦會議。2003年12月，外交部部長助理沈國放參加了在摩洛哥舉行的南南合作高級別會議。2005年6月12-16日第二屆南方首腦會議在卡塔爾多哈舉行，曾培炎副總理率團出席並在會上發言，宣布中國將向卡塔爾倡議的“南方發展與人道主義援助基金”捐款200萬美元，用於我國與廣大發展中國家開展互利合作。卡方向該基金捐款2000萬美元，印度亦捐款200萬美元。
中國還積極參與其他發展中國家組織 ，推動南南合作。中國於1995年加入南方中心，並由歷任中國駐日內瓦代表團大使擔任南方中心理事會中國代表。南方中心成立於1990年，前身是南方委員會，總部在日內瓦。其宗旨是促進南南團結與合作，加強南北在平等、公平的基礎加強理解、擴大合作，協助南方國家在國際場合協調立場。中心設有代表理事會、董事會和秘書處。2002年馬毓真大使當選南方中心董事會董事並於2005年連任，任期至2008年。中國於1996年向南方中心核心基金捐款50萬美元。2004年和2005年又分別捐款10萬美元。