(1)辦公室(監管科)
負責政務和中心事務的組織協調；負責起草綜合報告、文件和各種管理制度；組織協調住房公積金政策的調研、起草、修訂和解釋工作；負責組織政策性住房金融研究，提出本市住房公積金制度發展規劃；負責文秘、宣傳、培訓、信息、保密、安全、信訪、後勤服務等工作。負責領導交辦的各項任務、規章制度和事項的督促檢查；負責人事教育、勞動工資、行政監督等管理工作；負責對外接待、會議組織等工作；負責住房公積金檔案的收集、整理、歸檔和保管的管理和監督；負責對派出機構檔案管理工作的指導和培訓。
㈡收藏管理科
負責制定全市住房公積金歸集和提取政策及操作規程；執行住房公積金年度歸集和提取計劃；負責宣傳和落實住房公積金制度和政策；組織實施年度基數調整、催款、清欠、擴大存款覆蓋面；負責住房公積金繳存年度檢查和考核，審核單位延期或降低繳存比例等管理工作；負責組織實施行政執法工作，辦理行政執法案件的核查、聽證和應訴；負責繳存單位的業務培訓，負責派出機構住房公積金歸集政策的指導和培訓。
(3)使用管理科(資產保護科)
負責制定全市住房公積金個人住房委托貸款的政策和操作流程；執行年度委托貸款計劃；負責住房公積金貸款項目的審查；負責對逾期貸款的貸款人提起訴訟，處理抵押物，清理債務，保全資產；負責個人貸款信用體系的建立和跟蹤管理；負責對派出機構的住房公積金貸款政策進行指導和培訓。
負責對申請住房公積金貸款合作的房地產開發企業及其銷售的房屋進行審查；負責制定逾期三期以上不良貸款年度清收計劃，編制清收進度報告，清收不良貸款；負責抵債資產的接收、變現、盤活和日常管理；負責協調受委托銀行和法院做好訴訟貸款的起訴和執行工作；根據相關政策法規，配合相關部門核銷不良貸款；負責不良貸款抵押物的合理管理；負責二手房公積金貸款和抵押資產評估測繪中明顯不合理數據的確認；負責對派出機構資產保全工作的指導和培訓。
⑷規劃和財務科
負責全市住房公積金計劃和預算、決算的編制、調整和執行；負責建立住房公積金會計制度，開展銀行支付結算業務，進行總賬和明細賬核算，編制和報送財務報告；負責完善基本會計準則，建立各項財務管理制度；負責全市公積金的資金調度和內部結算；負責安排購買國債；負責全市住房公積金會計統計報表的匯總和報送；負責協調財政、銀行等部門與資金管理相關的工作；負責編制管理機構的綜合管理預算和會計核算，負責管理機構固定資產的核算和管理；負責對派出機構住房公積金會計工作的指導和培訓。
(5)審計科
負責住房公積金計劃或預算的執行和決算、財務管理、運行效率、內部控制和風險管理的檢查和內部審計；負責審核住房公積金會計數據的真實性、準確性和可靠性；制定內部控制評價標準，開展內部控制評價和工作質量評估；負責全市管理機構崗位目標責任制的年度考核；負責對受托銀行公積金業務的考核；負責財務收支、資金風險、盈利能力及相關業務信息的綜合分析；負責對派出機構審計工作的指導和培訓。
㈥信息技術科
負責計算機軟件、硬件和網絡的設計、運行和維護；確保公積金業務系統、辦公自動化系統和網站的正常工作；組織計算機應用項目的開發、調試、驗收和技術資料的整理歸檔；編制並組織實施計算機系統支撐規劃和中長期發展規劃；為中心計算機等設備的采購和驗收提供技術支持；負責派出機構計算機工作的指導和培訓。