鼠疫在中國史料中早有記載。例如，《李周天官註載》中記載:“人的疾病是由疾病支撐的，任何時候都有疾病。”《呂氏春秋·季春記》記載:“當季春處於夏季時，人們會遭受許多疾病和流行病的困擾。”說明當時對鼠疫的認識已經達到壹定水平，相信壹年四季都可能發生鼠疫。原因之壹是時令之氣異常，是由“氣不合時宜”引起的。
現存最早的中醫古籍《黃帝內經》也有記載。例如，《蘇文·針灸理論》指出:“當五種流行病到來時，它們都容易感染，無論大小，癥狀都是相似的。”...，正氣存內，邪不可幹，避其毒氣。”《蘇文本能病》篇:“厥陰不退位，即風早起，雨不下，濕令不融，民病疫，瑕不掩瑜。”風生，人之病皆肢痛，頭痛，內熱，咽幹。”指出溫病具有傳染性、流行性，臨床表現相似，與氣候有關，認為只要“正氣存內”，就能“避其毒氣”。
東漢
東漢張仲景在其著作《傷寒論》的序言中說:“虞氏二百余家。自建安年（公元196年）以來，未達十尺，三人中有兩人死亡，傷寒居第七位。感受過去的損失，不可能挽回傷害，而是勤奮地尋求古老的教義並向各方學習。.....“文中的“傷寒”不僅指外感熱病，還包括當時嚴重的傳染病，這表明當時瘟疫猖獗。
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三國
曹植《談疫氣》記載:“建安二十二年（公元217年），疔瘡之氣盛行，家家有僵屍之痛，滿屋哀嚎。要麽關起門死，要麽罩著家人輸。或者認為:瘟疫、鬼神。眾所周知，遭受這種痛苦的人是布朗·霍如的兒子和史靜·澎湖的耳朵！如果夫子廟位於丁食之家，它就是馬騰累杯之門。如果是，那就是新鮮的。這就是陰陽失和，寒暑不對，就是疫情的原因，愚民為之所累，也是可笑的。》中描述了疫病流行時的悲慘情景，並明確指出“癤子流行”並非“鬼神”所致，而是“陰陽失位，寒暑錯雜”。
建安七子之壹的王燦在《七傷詩》中也有記載:“...我什麽也沒看見就出去了，白骨覆蓋了平原。路上有壹個饑餓的女人，抱著孩子，棄草而去。溫孤嚎啕大哭，獨自揮淚。如果我們不知道我們會死在哪裏，我們怎麽能最終在壹起呢？我不忍心聽這種說法。.....”是當時淒涼景象的真實寫照。據史料記載，從漢桓帝劉峙到漢獻帝劉協，共發生了17次疫病。疫情已經持續多年，百姓生活水深火熱，就連士大夫也未能幸免。例如，文學史上著名的“建安七子”中的徐幹、陳琳、楊穎和劉真也去世了。其恐怖可見壹斑。