1、二者重要性不同。其中，首付若是發票丟了，則後果不嚴重。但是如果丟的是全款發票，那購房1年內則不能提取公積金。由於公積金只有在購買住宅性質的商品房時才可以使用，全額購房發票開出來後才可以證明該套房產已經全款到位，且房子是屬於購房者本人所有的。如果妳房產證還沒有拿到手，全款發票的丟失還會影響房產證的辦理，將讓妳的房產證取得之路煩不勝煩。
2、二者的所持有對象不同。首付發票只開給貸款購房者，而全款發票即開給貸款購房者，又開給全款買房者。
3、二者的用途不同。首付發票可以用於按揭和提取住房公積金，而全款發票不但可以提取住房公積金，在辦理不動產證和落戶時，都需要全款發票。
住房公積金的提取有以下條件：
1、購買、建造、翻建、大修自有住房的持有效提取憑證；
2、離休、退休的持有效提取憑證；
3、完全喪失勞動能力，並與單位終止勞動關系的持有效提取憑證；
4、到國外、港、澳、臺地區定居的持有效提取憑證；
5、償還住房貸款本息的持有效提取憑證；
6、被納入本市城鎮居民最低生活保障範圍並支付房租的持有效提取憑證；
7、職工在職期間被判處刑罰、職工住房公積金轉入集中封存戶兩年後仍未重新就業、職工戶口遷出本市、非本市戶口職工離開本市並與所在單位終止勞動關系的。
首次提取住房公積金應當提交以下材料：1、病患者有效身份證；2、繳存人的戶口簿，已婚還需提供結婚證；3、家庭所有成員的收入證明原件；4、疾病診斷證明書原件及復印件壹份；5、社保特定門診批復原件及復印件壹份；6、醫院相關治療費用的憑證，如住院費用清單；7、《職工因家庭突發事件或重大疾病造成生活嚴重困難提取住房公積金申報表》單位蓋公章；8、當繳存人與當事人為不同戶口的直系親屬關系時，需提供公安部門出具的戶籍關系證明。
所以，購房首付發票和全款發票由以上幾點區別。
法律依據
《中華人民***和國發票管理辦法》第二十條 所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項，應當向收款方取得發票。取得發票時，不得要求變更品名和金額。
《中華人民***和國發票管理辦法》第十九條 銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票；特殊情況下，由付款方向收款方開具發票。
《中華人民***和國發票管理辦法》第二十壹條 不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。