但在《財政部國家稅務總局關於基本養老保險、基本醫療保險、失業保險和住房公積金個人所得稅政策的通知》中，允許單位和個人實際繳納的住房公積金，在12%的上年度職工月平均工資的範圍內，從個人應納稅所得額中扣除。單位和個人繳存的住房公積金超過上述規定比例的部分，並入個人當期工資、薪金所得，征收個人所得稅。
也就是說，單位為個人繳納或者個人繳納超過12%的部分，將計入個人的工資薪金所得，按規定繳納個人所得稅。比如上海目前普通公積金的繳存比例是職工和企業繳納工資總額的7%，如果有補充公積金，比例是工資總額的8%。兩項相加，單向存款最高金額為15%。如果12%以內的部分可以免稅，那麽超過3%的部分需要繳納個人所得稅。
公積金貸款流程:
1.初審:住房公積金管理中心對申請人提交的材料進行初審，包括申請人資格、貸款額度、貸款期限等。初審合格後，中心將發出《抵押物審查評估通知書》；
2.評估:申請人持《抵押物審查評估通知書》到中心指定的評估機構對所購房屋進行價值評估。經濟適用房不需要評估；
3.審核:申請人持評估機構出具的評估報告和中心要求的初審材料到中心進行貸款審核。合格的，中心出具《住房公積金管理中心委托貸款調查通知書》；
4.辦理擔保手續:申請人憑《住房公積金管理中心委托擔保貸款調查通知書》，根據自己選擇的擔保方式辦理擔保手續。如選擇抵押擔保，擔保人應出具書面保函；選擇房貸險或第三方擔保的，應在保險公司投保或在擔保機構辦理委托擔保手續；
5.簽訂借款合同；
6、住房資金管理中心與受委托銀行簽訂的貸款協議；
7.借款人直接向住房資金管理中心提出貸款申請，受托行業可根據需要匯總借款人申請，提交住房資金管理中心審批；
8.住房資金管理中心核定每筆貸款的金額、期限、利率後，與受委托銀行簽訂委托貸款合同。
綜上，住房公積金最低繳存比例不得低於5%，最高不得高於12%。同壹單位在同壹繳存年度只能選擇壹個繳存比例，個人繳存比例應與單位繳存比例壹致。
法律依據:
中華人民共和國住房公積金管理條例
第十六條
職工住房公積金月繳存額為職工本人上壹年度月平均工資乘以職工住房公積金繳存比例。
單位為職工繳存的住房公積金月繳存額為職工上壹年度月平均工資乘以單位繳存的住房公積金比例。
第十七條
新員工從參加工作的第二個月開始繳存住房公積金，月繳存額為員工本人工資乘以員工住房公積金繳存比例。
單位新調入的職工，應當自調入職工發放工資之日起繳納住房公積金，月繳存額為職工本人月工資乘以職工住房公積金繳存比例。