1，計算年總收入；2.扣除費用6萬元；3.扣除基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費，住房公積金等專項扣除；4、扣除子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或住房租金、贍養老人等專項附加扣除；5.根據扣除後的余額計算應納稅所得額；6.按照適用稅率計算應納稅額；7.扣除預繳稅金；8.確定應納稅額(已退還)。
綜合所得稅的計算方法:
1.確定納稅人的綜合所得總額:將工資、薪金、勞務報酬、特許權使用費等項目的收入壹並計算；
2.扣除免稅收入、費用和專項扣除:包括基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費，以及住房公積金；
3.計算應納稅所得額:應納稅所得額是綜合所得總額減去各項扣除後的余額；
4.適用稅率計算應納稅額:根據適用的稅率表計算應納稅額；
5.預繳稅金的扣除:將通過工資、薪金預繳的稅金從應納稅額中扣除，獲得應納稅額(退款)。
綜上所述，綜合所得稅年度匯算清繳是壹個系統化的過程，包括計算全年總收入、扣除標準費用6萬元、扣除社會保險費和住房公積金、專項附加扣除、計算應納稅所得額和應納稅額、確定扣除預繳稅款後最終應繳納或應退還的金額，以保證納稅人的合法權益，促進稅收政策的公平執行。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第九條
個人所得稅由納稅人繳納，支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關發給納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。
第十三條
納稅人取得應稅所得沒有扣繳義務人的，應當在取得所得的次月十五日內向稅務機關報送納稅申報表，繳納稅款。納稅人取得應納稅所得額，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年6月30日前繳納稅款；稅務機關通知納稅人限期繳納的，納稅人應當限期繳納。居民個人從中國境外取得所得，應當於次年3月1日至6月30日申報納稅。非居民個人在中國境內兩處以上取得工資、薪金所得，應當於次月15日內申報納稅。納稅人因移居國外註銷境內戶口的，應當在註銷境內戶口前辦理納稅清算。
第十四條
扣繳義務人每月或者每次扣繳的稅款，應當在次月15日內上繳國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。納稅人辦理退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理退稅的，稅務機關經審核後，應當按照國庫管理的有關規定辦理退稅。
第六條
應納稅所得額的計算:
(壹)居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入減除費用六萬元、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額為應納稅所得額。
第十條
有下列情形之壹的，納稅人應當依法辦理納稅申報: (壹)取得綜合所得，需要進行匯算清繳；(二)取得應稅所得沒有扣繳義務人；(三)取得應納稅所得額，扣繳義務人未扣繳稅款的；(四)取得境外所得；(5)因移民而取消中國戶口；(六)非居民個人從中國境內兩個以上地方取得工資、薪金所得；(七)國務院規定的其他情形。扣繳義務人應當按照國家規定為全體員工辦理全額扣繳申報，並向納稅人提供其個人所得和代扣代繳稅款等信息。