二是農村合作金融機構不強，無法承擔“主力軍”的重任。在眾多農村金融機構中，農村合作金融機構與“三農”聯系最早，奠定了其農村金融主力軍的地位。但是，部分農村合作機構歷史包袱依然沈重，法人治理結構尚不完善，管理方式依然粗放，“小法人、大系統”管理體制不健全，聯合發展動力不足，後臺服務能力不強，農村合作機構整體實力不夠強。
三是定價機制不完善，無法實現完全的利率市場化。首先，大多數農村金融機構議價能力較弱，定價機制不完善，未能準確運用各種精細化模型和定價體系，科學測算本機構存款成本水平；還不能根據客戶群進行有效的分級管理和細化管理；未能單獨設定有吸引力的貸款利率，優化客戶結構；已經無法通過內部資金轉移定價(FTP)實現精細化管理，帶領組織向精細化管理轉型。其次，民間金融定價的大起大落造成了壹定的沖擊。最後，監管部門同樣嚴格的資本約束和業務管理，對農村金融機構議價定價形成了壹定的時空限制。
四是風險管理不嚴格，難以始終守住不發生系統性金融風險的底線。國內經濟將在較長時期內經歷壹個去杠桿化、減少產能、擠壓泡沫的過程。個別企業會停產倒閉，大股東和客戶時不時會失去聯系。特別是當前風險跨市場、跨機構傳導特征越來越明顯，單個農村合作機構的風險容易傳導到多個農村合作機構；單壹風險可能演變為多重風險，導致流動性風險、信用風險、信息科技風險、操作風險、市場風險和聲譽風險的交織和重疊。農村金融機構大多是法人級別低、資產規模小、管理水平相對落後的機構。總體上看，這些機構抗風險能力較弱，防範和化解金融風險面臨嚴峻考驗。
第五，農村信貸不透明，嚴重制約了農村金融機構的擴張和服務質量的提高。在農村，農戶和小微企業內部信息真實，外部信息不真實的現象很普遍。陌生人之間的信用信息不“剛性”，農村信用評級和征信工作普遍不到位。因此，在農村信用水平低、透明度低的條件下，農村金融機構的放貸意願大大降低，農村金融機構規模擴張的動力減弱，服務質量難以提高。