1949年11月，北京市第二屆各界人民代表會議通過了封閉全市妓院的決議。為了給解放了的妓女診治性病，在胡傳揆教授的帶領下，組織了壹支醫療隊，葉幹運從始至終參加了這項工作。時值隆冬，在妓女集中的婦女教養院內，條件十分簡陋。剛被解放了的妓女往往不配合治療，甚至大吵大鬧，辱罵醫務人員。但醫療隊的成員仍非常耐心地進行解釋工作，最終使得全部妓女都接受了診療。這項工作壹直持續了壹個多月。醫療隊的成員壹大早就騎自行車趕到婦女教養院，中午也不得休息，吃過自己帶來的簡單的午餐後，繼續工作到天黑才能騎車回家休息。他們克服困難，辛勤工作，終於勝利地完成了任務。在1303名受檢的妓女中，***診治各種性病1257例，患病率高達96.5%。被解放了的妓女不僅恢復了人身自由，還治好了性病，她們無不感謝黨和政府以及醫務人員挽救她們走出了苦海。這項工作對葉幹運來說，不僅是壹項政治任務，提高了思想覺悟，同時，在專業技術上，也使他取得了豐富的診療經驗，對他今後開展性病的防治研究十分有利。
1950年秋，中央衛生部根據全國人民政治協商會議的提案，組織了中央防疫總隊第七大隊前往西北少數民族地區開展防治性病和巡回醫療工作。經胡傳揆教授的推薦，葉幹運被任命為大隊長，他率領60多名醫務人員赴甘肅省的夏河、卓尼、東鄉、臨夏以及青海省的湟源、海晏等地進行了為期9個月的防治工作。他們爬雪山、過草地，深入農牧地區，挨家串戶，為患病的各族人民精心診治，治愈了大批的性病患者，深受缺醫少藥的當地群眾熱烈的歡迎，也為控制性病的傳播創造了有利的條件。1951年7月防疫大隊返京後，葉幹運又奉命率領中央內蒙古衛生隊前往內蒙古新巴爾虎旗開展性病防治工作。同年9月，全國民族二衛生會議在京召開，葉幹運應邀到會，介紹了在少數民族地區開展性病防治工作的經驗。會議結束時他還受到毛澤東主席的接見。這次會議明確了性病防治工作是民族衛生工作的三個重點任務之壹。為此，1951年10月，中央民族事務委員會和中央衛生部聯合組建了中央民族衛生工作大隊，再次任命葉幹運為大隊長，率領壹百多名醫務人員於1951年11月前往西康省藏族自治區開展性病防治、巡回醫療、婦幼保健、衛生防疫和人員培訓等工作。當時，自治區剛剛解放不久，當地的治安、交通和生活條件都很差，再加上崇山峻嶺，深溝峽谷以及空氣稀薄，高山反應等，使內地來此的隊員感到很不適應。但全體隊員本著全心全意為人民服務的宗旨，葉幹運也以身作則，他們不畏艱險，戰勝困難，終於在兩年多的時間裏，走遍了全區20個縣，勝利完成了各項任務。他們***診治患者20多萬人次，其中確診為梅毒患者8000多人，淋病患者1700人，均予以青黴素治療，取得良好療效。葉幹運認識到衛生大隊只是個臨時性的機構，要想使缺醫少藥的少數民族地區建立起自己的衛生醫療機構，必須大力培養當地的本民族的技術骨幹。在他的精心安排下，兩年來為當地培養了40多名中級衛生人員，他們後來都成了當地衛生戰線的技術骨幹。衛生大隊的工作不僅是治病救人，同時也是為了促進民族之間的友誼與團結。衛生大隊所到之處都受到當地群眾的熱烈歡迎，藏族同胞親切地稱呼衛生大隊的同誌是毛主席派來的好門巴（藏語為醫生）。2001年10月，為了紀念中央民族衛生工作大隊赴藏區巡回醫療50周年，國家民族事務委員會和國家衛生部聯合在北京人民大會堂召開座談會，充分肯定了衛生大隊當年在藏區工作的業績，並頒發了“造福藏區人民的白衣戰士、促進民族團結的壹代功臣”榮譽證書。中央電視臺東方時空節目組評選葉幹運為“東方之子”，進行了專題報道。
在康藏高原工作兩年多的時間裏，葉幹運也遇到不少前來求醫的藏族麻風病患者。由於當時規定麻風病人必須收入麻風醫院進行隔離治療，葉幹運只好無奈地向病人作好解釋，並動員他們去瀘定麻風病院接受診治，但此時，為了解除麻風病人的疾苦，控制麻風病的流行，有必要大力開展麻風病防治工作的想法已經銘記在葉幹運的心中。
1953年年底，中央民族衛生工作大隊圓滿完成各項任務後，葉幹運率隊返回北京。適逢中央衛生部在北京籌建中央皮膚性病研究所，葉幹運服從組織分配，調至該所參加籌組工作。1954年5月，中央皮膚性病研究所正式成立。從此，葉幹運在該所工作至今已將近半個世紀，先後擔任主治醫師、門診部主任、性病麻風防治研究組副組長、麻風病研究室主任、研究員、副所長、學術委員會主任、博士生導師、顧問等職，並壹直從事性病與麻風病的防治研究工作。
在中央皮研所建所初期，當時正值全國普遍學習前蘇聯經驗的高潮中，皮研所也不例外。在壹次討論梅毒治療方案的會議上，該所顧問前蘇聯專家葉果洛夫強調要采用前蘇聯保健部制定的以砷制劑為主的間歇療法，療程需要兩年。胡傳揆對此持有不同的意見，他認為間歇療法療程太長，副作用較多，不如采用青黴素療法。葉幹運根據自己多年來在基層防治性病的實地經驗，也提出為了符合廣大基層防治性病的需要，必須采用起效快、療效高、療程短、副作用少，而且患者易於接受的療法，因此，青黴素療法遠遠優於間歇療法。最後，中央衛生部采納了胡傳揆所長的建議，在梅毒治療方案中將青黴素療法列為首選。這壹決定對廣大基層開展性病防治工作起到了積極的促進作用。為此，葉幹運還專門撰寫了壹篇“從多快好省的角度來看青黴素治療梅毒的方案”壹文，發表在《中級醫刊》上，向基層防治人員推薦這壹方案，取得良好效果。在中央衛生部的領導下，中央皮研所負責全國性病防治工作的組織協調與技術指導任務。為了取得第壹手的資料，葉幹運會同馬海德博士等率工作組深入到江西省寧都縣進行了為期三個月的現場調查與防治研究工作，總結出壹套在農村地區開展性病防治工作的經驗，在1959年3月召開的全國性病、麻風、頭癬現場防治交流會上作了報告，進壹步推動了各地的性病防治工作全面展開。經過多年的努力，至1964年，全國除個別地區外已經基本消滅了性病。為此，葉幹運協同胡傳揆教授等撰寫了“我國對梅毒的控制和消滅”壹文，並在1964年在北京召開的國際科學討論會上宣讀。新中國建國後僅僅用了15年的時間就將危害人民身心健康的性病基本消滅了。這壹輝煌的成就受到國際輿論的高度重視與贊揚。進入20世紀80年代，隨著國內外人員的廣泛接觸，流動人口的大量增加，再加上社會行為和性觀念的改變，致使性病在我國死灰復燃，再度流行，而且被稱為20世紀瘟疫的艾滋病也已傳入國門。面對這壹嚴峻形勢，葉幹運深感憂慮和不安。他多次在全國人民代表大會期間提出開展性病防治工作的建議，並主持召開了性病防治討論會，對今後的防治策略與措施向國家衛生部提出了建議。由於領導的重視，我國再次開展了大規模的性病防治工作。國務院建立了防治艾滋病性病協調會議制度，組織各有關部門分工合作，衛生部成立了性病專家咨詢委員會和全國性病防治中心，各地也相繼建立了防治專業機構。葉幹運被任命為性病專家咨詢委員會主任委員。雖已年近古稀，他仍積極投入到防治工作中，為培訓專業技術人員、編寫性病防治手冊、制訂防治工作規範、組織經驗交流會、開展性病咨詢活動、指導科學研究，做了大量的工作。他還擔任了世界銀行性病貸款項目專家評審組組長，與國內外專家***同組織了27項性病防治研究課題，都已取得成果。此外，他還多次通過電視和廣播宣講防治性病艾滋病的科學知識。主編了《性傳播疾病診療與預防》、《實用性病學》、《皮膚性病防治》、《性傳播疾病》等專著，為控制性病的蔓延繼續作貢獻。
1956年，中***中央頒布的《全國農業發展綱要》中明確規定要積極防治麻風病。為此，中央衛生部派出了麻風考察組前往廣東、陜西等省實地調查麻風流行與防治情況。葉幹運參加了考察組，他十分高興，回想起幾年前在康藏高原遇到麻風病人的情景，預感到大規模防治麻風病的戰役即將打響。他全身心地深入到各個麻風村院，詳細了解當地的麻風流行與防治情況，協助衛生部草擬了麻風防治規劃，並參加了1957年6月在濟南市召開的建國後首屆全國麻風防治會議。此時，他已決心要為麻風病的防治事業奉獻壹生。會議結束後，他即率領研究小組前往江蘇省開展卡介苗接種預防麻風病的研究工作，當年年底，他又去廣州參加由阿根廷麻風病學專家斯胡曼教授主講的全國麻風高級醫師進修班，被選為班長。通過3個多月的學習，葉幹運對麻風病的基礎知識、臨床疹療、防治策略等方面都有了進壹步的了解，更加強了搞好麻風防治研究工作的信心與決心。學習結束，他回到中央皮研所後，該所剛剛組成性病麻風防治研究組，由著名的馬海德博士任組長，葉幹運被任命為副組長。他與馬海德博士都認為麻風病不僅是個衛生醫療的問題，同時也是壹個社會問題，只能采取自然科學與社會科學相結合的綜合性防治措施才能奏效。他和馬海德博士率先提出了《以縣為單位控制麻風綜合防治措施的研究》課題，在江蘇省海安縣和廣東省潮安縣與當地協作進行試點，效果十分明顯，已在全國推廣，並獲1978年全國科學大會獎。葉幹運和他的同事們還在麻風病的流行病學、社會醫學、早期診斷、治療方法、康復醫學等方面取得多項研究成果，曾獲國家和衛生部科技進步獎。葉幹運熱愛麻風防治事業，經常深入麻風流行區和麻風村院，壹方面為病人悉心診治，壹方面又和病人促膝談心，深受病人的敬愛。有壹次葉幹運在廣東省潮安縣彩塘公社蹲點時，正巧有壹位在家居住的麻風患者發生了嚴重的麻風反應，必須住院治療。但是這位病人家境困難，不肯住院。葉幹運就多次上門勸說，並在經濟和衣物上給予幫助，這位病人終於住進了麻風村，很快就控制了反應。每當病人見到葉幹運時，都會豎起拇指，連聲道謝。
1981年世界衛生組織在日內瓦總部召開麻風病化學治療研討會，中央衛生部派葉幹運為代表參加了會議。在為期壹周的會議上，葉幹運與各國專家交流經驗，***同制訂了麻風病多種藥物聯合化療方案。這個方案的優點是療程短而固定，治愈率高，復發率小，而且能防止耐藥性的產生。回國後，適逢第二屆全國麻風防治會議在廣州召開。葉幹運在會上詳細介紹了這個方案，衛生部當即決定先搞試點，取得經驗後向全國推廣。試點工作在江蘇省揚州地區進行，取得成功，全國普遍采用了這個治療方案，大批患者在較短時間內得到治愈。上海、山東、遼寧、江蘇、浙江等省市陸續達到基本消滅麻風病的指標，我國的麻風防治工作已經走在世界的前列，受到世界衛生組織的高度贊揚。
1982年，應比利時達米恩基金會的邀請，衛生部組織了由馬海德、葉幹運、蘇駿瑞三位專家組成的麻風考察組，前往日本、美國、加拿大、英國、比利時、瑞士、印度和泰國考察各國的麻風防治與研究工作。他們壹方面詳細了解各國在麻風防治與研究方面的好經驗，壹方面向國外介紹中國防治麻風病的成效。葉幹運還應美國疾病控制中心的邀請做了題為“新中國麻風防治與研究進展”的專題報告，受到熱烈歡迎。考察組回國後，向衛生部作了匯報，提出了改進我國麻風防治策略、加強國際交流、成立中國麻風防治協會、出版中國麻風雜誌等建議，均被采納。
1982年，衛生部成立麻風專家咨詢組，任命葉幹運為組長。1985年中國麻風防治協會成立，馬海德任理事長，葉幹運先後當選為副理事長、秘書長、理事長、名譽理事長等職。同時還兼任過中國麻風防治研究中心副主任、《中國麻風雜誌》主編等職。
1984年，第12屆國際麻風大會在印度新德裏召開，葉幹運參加了大會並宣讀兩篇論文，其中雷公藤治療麻風反應的報告受到許多專家的重視。1989年，第13屆國際麻風大會在荷蘭海牙召開，葉幹運作為中國代表團副團長，主持了麻風流行病學分會場的討論，並當選為國際麻風學會理事。1993年，第14屆國際麻風大會在美國奧蘭多召開，葉幹運再次當選為學會理事，他在理事會上積極爭取第15屆國際麻風大會在中國召開，獲得大會壹致通過。1998年，第15 屆國際麻風大會在北京國際會議中心召開，葉幹運任組織委員會副主席，積極參與大會的各項組織工作。大會的順利成功，得到各國專家的好評。
作為碩士研究生和博士研究生的導師，葉幹運還培養了我國第壹個麻風病學碩士研究生。他指導該研究生完成了“中國漢族麻風病人HLA-A.B抗原的頻率分布”畢業論文，這在國內外都是首次報道，對研究麻風病的遺傳因素具有學術價值。
葉幹運先後當選為江蘇省第五屆人大代表和全國第六、七屆人大代表。在全國人民代表大會開會期間，‘他對《婚姻法》中有關麻風病的條文提出刪改的建議。2000年全國人大法制委員會召開《婚姻法》修改意見座談會時，葉幹運應邀到會，他從醫學發展的角度陳述刪改有關麻風病條文的必要性，得到采納。2001年全國人大常委會通過的《婚姻法修正案》中已刪除了有關麻風病的不妥條文。
葉幹運多次參加國際性的麻風學術會議並接待國外專家來華考察，結識了許多國際知名的麻風病學專家，建立了友好關系，為增強國際合作、引進國外先進技術和選派我國麻風防治研究人員出國進修創造了有利條件。葉幹運在國內外醫學期刊上發表麻風病方面的論文30余篇。主編了《實用麻風病學》、《麻風防治手冊》、《麻風聯合化療手冊》、《麻風實驗室工作手冊》、《麻風護理手冊》等專著。
葉幹運還先後擔任過世界衛生組織專家咨詢委員、國際麻風雜誌編委、亞洲皮膚科學會理事、《美國臨床皮膚科雜誌》編委、中華皮膚科委員會常委、《中華皮膚科雜誌》副總編、《國外醫學皮膚性病分冊》主編、中國醫學科學院學術委員、中國性病艾滋病防治協會顧問、中國性學會顧問等兼職。