而等助學貸款發放到專屬支付寶當中後，系統壹般會馬上自動轉給學校指定賬戶、繳納學費。等學校扣除了相應學雜費、住宿費後，就會將多余費用給退回來，這壹過程大概會在壹到兩個星期內完成。而若學校扣除學費後遲遲沒有退還多余的錢，學生可以聯系學校相關人員進行咨詢。
助學貸款扣款時間如下
1、提前還款：不管是前臺自主還款還是後臺系統代扣還款，用戶都需要先在國*行助學貸款系統中申請提前還款，否則無法在前臺和後臺系統進行還款；申請提前還款壹次有效，比如這個月申請並完成還款後，下個月不會再自動扣款。如果申請了提前還款，未還款的話，下次提前還款需要再次申請：
（1）前臺自助還款：在國*行助學貸款系統中提前還款申請成功後即可以在電腦上操作，登錄支付寶—應用中心—助學貸款還款，進行還款：
（2）後臺系統代扣：每個月1號-21號0點前對指定支付寶帳號進行充值，系統會在每個月21號0點後至月底前從賬戶中扣取相應的資金轉至國家開發銀行：
2、合同到期還款：用戶是不需要每個月進行還款操作的，貸款合同到了期限，會讓用戶將貸款的全部金額壹起還掉，由國行同步還款金額給支付寶，再由支付寶進行代扣。
法律依據：
《中國銀行國家助學貸款操作實施細則》
第二十八條
借貸雙方應對還款方式和還本付息計劃在借款合同中明確規定。貸款期限在壹年以內（含壹年）的，貸款本息在貸款到期時壹次性清償；貸款期限在壹年以上（不含壹年）的，可采取靈活的還本付息辦法：受教育人在校就讀期間，貸款人可給予借款人壹定的寬限期，寬限期內只付利息，不還本金。
第二十九條
借款人應授權貸款人於約定的還款日自動從借款人在本行開立的儲蓄或信用卡賬戶中扣收應償還本息。