申請調查、踏勘、審查、批準、認證、備案、保存和使用期審核。
1.申請:需要使用水域灘塗進行養殖的單位或個人，應向當地縣級漁業行政主管部門提出申請，如實填寫養殖使用權申請表，並按要求提交水域灘塗開發利用證明材料和水域灘塗界線圖。
申請書須連同1號或2號圖則繪制的水域界線圖壹式兩份，以及按標準A3紙(42厘米×29.7厘米)縮小的界線圖壹式三份。邊界圖應標明每個拐點的四個坐標、特征、圖例和坐標。
養殖水域灘塗界線圖應當由制圖人員和審核人員簽字，並加蓋漁業行政主管部門認可的測繪單位的公章。
2.調查踏勘:縣漁業行政主管部門根據申請人填寫的申請書，會同當地村委會、街道辦事處、鄉(鎮)人民政府進行現場踏勘，確認劃界，核實相關材料。
3 .審核批準:縣級漁業行政主管部門根據調查和踏勘，認
真正審核確認所申請的養殖場土地權屬無爭議，且符合市、地方水產養殖發展規劃和容量控制要求，填寫水產養殖使用權審批表，加具意見，按審批權限逐級報政府審批，由縣級漁業行政主管部門負責核發水產養殖使用證(沒有縣級漁業行政主管部門的，由市級漁業行政主管部門核發水產養殖使用證)。
使用水域灘塗的申請應在兩個月內予以答復，對不予受理或批準的申請應說明理由。
4.發證費用:按國家或地方政府的有關規定執行。
5.歸檔和保存:發證機關收集有關文件、圖片和資料的編號。
填好檔案卡，歸檔。
6.使用期審核:發證機關應在水灘使用期屆滿前60日內通知使用者辦理延長使用期手續，否則發證機關應按期註銷其養殖使用證。
法律依據:《水域灘塗養殖認證登記辦法》
第二條本辦法所稱水域灘塗，是指由縣級以上地方人民政府依法規劃或者以其他形式確定的可以用於水產養殖的水域灘塗。本辦法所稱水域灘塗養殖權，是指使用水域灘塗從事養殖的權利。
第三條縣級以上地方人民政府應當核發養殖證，確認水域灘塗養殖權。縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門負責水域灘塗養殖發證登記的具體工作，建立登記簿，記載養殖證載明的事項。
第四條水域灘塗養殖權利人憑養殖證享受國家水產養殖扶持政策。