在德蘇密約條款下，俄國在德國進攻波蘭16日後，收復了1921年被波蘭政府侵占的寇松線以西的西烏克蘭與西白俄羅斯，並在這之後如同與納粹政權商議的，收復了在1917年獨立出去的波羅的海三小國、部份烏克蘭和比薩拉比亞。西方學者認為俄國在所有新控制地區的政策都是殘暴的，表現出了強烈種族清洗成份，內務人民委員部部隊跟在紅軍之後清洗占領地的“反蘇份子”，波蘭歷史學家托馬斯·恩伯註意到德國特別行動隊與此部隊的近似。許多人試圖逃離蘇聯NKVD，那些失敗的人極可能成為紅軍囚犯，並在之後放逐至西伯利亞和/或死在“古拉格”。1939-1941年期間在前波蘭蘇聯控制區內，近壹百五十萬名居民被放逐，其中63.1%為波蘭人和其他民族，7.4%為猶太人，這些被放逐者絕少活過戰爭。
依據美國教授卡羅爾·奎格利的研究，紅軍在1939年俘虜的32萬波蘭戰俘中至少10萬人被消滅。
放逐、處死、酷刑以及其他各種對人民罪行（謀殺、綁架人質、屠村）隨著紅軍在1941年的敗退更變本加厲，許多被內務人民委員部逮捕的政治犯被屠殺，以避免讓他們落到德國手上。在波羅的海三小國、白俄羅斯、烏克蘭和比薩拉比亞，被捕的反抗份子由內務人民委員部和紅軍附屬部隊處決，而非留在當地。蘇聯的這些行為增長了對那些曾幫助蘇聯的人，或被懷疑為蘇聯盟友的人，特別是猶太人的仇恨。結果，在這些國家，特別行動隊可以依賴願意參與他們的殘暴任務的誌願者和密報，特別是波羅的海三小國。 根據美國歷史學家諾曼·奈馬克，蘇聯軍報的宣傳和蘇聯最高司令部的命令兩者皆對紅軍人員的暴行有責任，其文章壹般文意為紅軍以復仇者的身份來到德國，並有權懲罰。蘇聯作家伊爾亞·愛倫堡在1945年1月31日寫道:“德國人已在奧佩倫、哥尼斯堡和布雷斯勞受到懲罰，他們已受到懲罰，但仍不夠，壹些已受到懲罰，但還未達全部...”。此外，蘇聯將軍的呼籲也鼓動了士兵，在1945年1月12日，陸軍將領伊萬·切爾尼亞霍夫斯基向他的部隊發表以下言論:“無論對誰都不應有任何憐憫...法西斯的土地必須成為沙漠...”在德國方面，即使紅軍已在1944年的最後壹個月進入德國領土，任何對市民的有組織撤離皆為納粹政府所禁止，以提升部隊士氣。不過，德國市民從來自東線服役的朋友和親人的消息，很清楚紅軍對平民的戰爭方式，並害怕俄軍。另外，納粹的宣傳 - 為鞏固民防以詳細畫面和陰森方式描述紅軍暴行如內默爾朵爾夫大屠殺- 引火燒身使得民間出現恐慌。結果，在納粹官員撤離後，平民開始自動自發的向西逃竄，逃離推進中的俄軍。超過兩百萬德國東部省份（東普魯士、西裏西亞、波美拉尼亞）的人民死於寒冷和饑餓、戰後種族清洗或因卷入戰場被殺，很大部份死亡發生在當難民列被俄軍部隊追上時，他們被坦克攆過、洗劫、槍擊、屠殺，婦人和女孩被強奸後遺棄，任其自滅，蘇聯空軍的戰鬥轟炸機穿透前線好幾公裏並向難民列攻擊。
那些未逃走的人須承受紅軍統治的重負：謀殺、強奸、搶劫和放逐。例如，在東普魯士城市哥尼斯堡，紅軍占領此城時大約有10萬名德國市民居住於此，當德國人終於在1948年被驅逐出哥尼斯堡時，只剩約兩萬人仍然存活。紅軍在德國的暴虐在占領期間不斷持續，並導致如德明鎮之類事件發生，此小城在1945年被蘇聯部隊占領，盡管德明和周邊在未有任何抵抗下無條件向紅軍投降，近900人在蘇聯指揮官宣布德明開放洗劫三天後自殺。
雖然並未經常有紅軍大規模屠殺平民的報道，在特羅恩布裏珍有壹件已知事件，至少88名男性市民在1945年5月1日在被集合後槍決，此暴行發生在蘇聯士兵的勝利慶祝之後，慶祝中眾多特羅恩布裏珍女孩被強奸並且有壹名紅軍中校被不知名人士槍擊。壹些研究表示此事件中高達壹千人被處死。
壹個布雷斯勞人講述的事實是最典型的：“人們壹定見過壹個蘇軍士兵與德國孩子分享他最後壹塊面包，或者壹個蘇軍卡車司機在公路上主動搭載壹位老太太和她的散了架的手推車，並把她送回家的情景，但是，人們也壹定見過，蘇軍士兵在公墓裏暗中守候，準備襲擊、搶劫、強奸從這裏路過的悲傷的單身婦女或姑娘的情景。” 根據波茨坦會議的出兵補償協定，蘇軍運走了東北總發電量百分之八十五的電力設備，以及鞍山、本溪等地百分之八十的鋼鐵工業設備。蘇軍還把偽滿洲國中央銀行和多家私營銀行的全部紙幣、抵押品、金銀、外匯沒收，改為流通“紅軍票”。在東北初期，蘇軍軍紀松弛。
1945年8月18日，東北民主聯軍松江軍區司令員盧冬生發現壹些蘇聯紅軍進行搶劫活動，於是掏出蘇聯紅軍的軍官證，斥責這個不法的士兵，說妳們這麽做是違法的，這兩個蘇聯士兵壹看事情敗露了，在行至壹處下坡路時，違紀的蘇軍士兵怕盧冬生告發自己，就從背後開槍打死了盧冬生。
中***領導伍修權曾回憶，蘇軍進入東北的部隊，有的紀律相當壞，據反映在他們的連隊裏，有的士兵不是正規軍人，而是壹些刑事犯人，因為紅軍在蘇德戰事中兵力損失很大，就將這種人編入部隊，讓他們戴罪立功，這些人來華後以勝利者自居，不斷醉酒鬧事，騷擾群眾。
昂昂溪離齊齊哈爾不遠，在那個地方發生過壹個案子，當時這個士兵就把壹個女子的手表給搶走了，這個中國女子非常憤怒，恰好駐紮在昂昂溪的蘇聯司令從那過，她就把這件事告訴了這個蘇軍司令，蘇軍司令馬上親手槍斃了這壹個蘇聯士兵，然後讓他的衛兵馬上在路邊挖壹個坑，就埋起來了，這件事情，給了中國人很大的震動。
蘇軍曾采取極端手段。凡搶掠強奸婦女的士兵立刻槍斃，然後將屍體運至野外扔掉，最多時壹天槍斃了二十多人。