1956外貿部進出口局副局長。1960年代到中央調查部擔任美國研究所所長。文革期間，由於舒自清夫婦的特殊經歷，他們被造反派批判為“美國間諜”。不久，他們被秘密關進了北京的秦城監獄。舒自清被當作“政治重刑犯”，單獨關在壹間小牢房裏。他每頓都吃蔬菜湯和窩窩頭，根本填不飽肚子。冬天像冰庫壹樣冷。即便如此，他還是利用服刑的5年時間，系統地學習了馬克思恩格斯的原著，出獄時讀書筆記裝滿了壹麻袋。
1972 10個月，情況略有好轉。1973 1月，妻子黃玉清已經7次被通報病危，舒子清身體不好。本以“保外就醫”的名義被釋放。頂著政治帽子，沒有工作，妻子病危，兒女離散，舒自清依然熱切地關註著中國的經貿工作。
從1976到10，舒子清也第二次“解放”了。改革開放後，他的才能得到了發揮。作為國務院對外經濟貿易部國際貿易研究所所長，國務院領導同誌對他關於建立特區和引進外資的意見非常重視。舒自清的壹些下屬後來成了億萬富翁，他利用這些舊關系促成了許多中外貿易項目。
他從1988(70歲)退休後，依然離開，努力招商引資。1989年6月7日，聯合國準備在芬蘭赫爾辛基召開關稅與貿易國際會議。舒自清親自撰寫了出席大會的演講稿，敦促中國加入世貿組織，並雄辯地闡述了這不僅對中國有利，而且對世界有利。可惜他的野心沒有得到回報，在1989年6月6日中風倒下。1996死了。