生產企業要先采購原材料或半成品，經過壹系列加工才能形成適銷對路的產品。在現實生活中，稅務機關很難查到原材料在國內外出口的比例，所以是以包括成本價和毛利之和在內的計稅價格為基礎進行計算。
外貿企業的主營業務是外購產品的直接出口，稅務機關很容易區分內外銷比例，所以只以貨物的進價作為計算基數。由於基數大小不同，兩個企業轉出的進項稅額不同，即生產企業出口相同產品獲得的出口退稅會少於外貿企業。
2、原材料加工出口退稅差額
在進料加工模式下，生產企業也適用“自由進出”的方式。生產企業從國外進口原材料加工後出口，其進項稅額轉移為出口產品價格減去進口料件價格乘以稅率後的差額。對於外貿企業來說，因為進料加工和壹般貿易出口沒有區別，所以退稅等於國內采購料件的價格加上加工費乘以出口退稅率。
3.退稅的計算方法不同。
生產企業出口貨物“免、抵、退”稅額的計稅依據和計算方法，而外貿企業實行“先征後退”的計算方法，先征收出口貨物的購貨款，出口後以增值稅專用發票上註明的金額作為退稅依據，征退差額計入成本。
百度百科-出口退稅