保稅港區的功能包括倉儲物流、對外貿易、國際采購、分撥配送、國際中轉、檢驗檢測和售後服務及維修、商品展示、研發、加工、制造和港口運營等。
保稅港區享受保稅區、出口加工區和保稅物流園區相關稅收和外匯管理政策。主要是:國外貨物進入港區保稅；離開港區內銷的貨物，應當按照貨物進口的有關規定申報，並按照貨物的實際狀態征稅；國內貨物進入港區視同出口，實行退稅；港區內企業之間的貨物交易不征收增值稅和消費稅。保稅港區與保稅區、出口加工區的稅收、外匯政策疊加，區位、功能、政策優勢更加明顯。