第二步：接受民政部門的審查 將經審核的可行性報告和業務主管單位批文提交給民政部門，然後進行名稱核準。在獲得同意申請註冊的批文後，到民政部門的網站上填報《登記匯報表》（與可行性報告內容相同）、《理事會組成人員基本情況表》、《民非法人登記申請表》、《民非章程核準表》、《民非負責人備案表》等表格，接受民政部門的預審查。其中，法人登記申請表需經當地派出所或人事部門蓋章，然後將紙質原件提交給民政部門。還需要提交場所使用權證明、擬任負責人基本情況和身份證明、法人代表簡歷等材料。如果填寫內容不全或無效，民政部門會通知妳拿回去重新補正。 在準備材料的同時，民政部門的主管領導還可能會找妳面談，了解機構的基本情況。然後，民政部門要對妳的機構進行現場考察，以便核實辦公場地的真實性。
第三步：領取登記證書 如果機構通過了民政部門的以上各項審查，在10天之內，就能順利拿到民政部門的批文。之後要去做驗資，驗資款須打入會計師事務所指定的驗資賬戶，通常1天就能驗資結束。然後，拿著所有最終定稿的紙質材料交到民政部門登記大廳，在15個工作日內就可以領取登記證書。
第四步：辦理機構必備的各種手續 需要攜帶登記證書，到公安機關刻制印章，到技術監督局辦理組織機構代碼證後，再到各區的稅務部門辦理稅務登記證，3天內去管轄稅務所報道，稅務專管員要現場核查地址，批準之後就可預約安裝稅控器和購買稅務發票。然後去原驗資銀行開設機構賬戶，再回到民政部門把這些機構信息備案。 然後，帶著相關手續到會計師事務所把驗資款轉入新設立機構的賬戶下。還需要購買票據，到財政部門領取捐贈票據，部分領域的民非要到業務主管單位領取專用票據。之後再去社會保障部門辦理員工社會保險開戶，如果員工人數少也可以選擇人事代理。如果機構有收費項目，還要到物價部門辦理收費許可證。
這些手續都辦好後，機構就可以正式開始運轉了。