業務種類
大額支付系統包括匯兌、委托收款劃回、托收承付劃回、中央銀行和國庫部門辦理的資金匯劃、承兌匯票查詢等。
小額支付系統業務種類包括
1、 通貸記業務（匯兌、委托收款、劃回）
2、 托收承付等
3、 定期貸記業務（如：代發工資，保險金）
4、 普通借記業務、定期借記業務。定期借記業務（如：代收水費、電費、煤氣費等）
5、 實時貸記業務（跨行通存、實時繳稅等）
6、 實時借記業務（跨行通兌、實時繳稅等）
7、 清算組織發起的代收付業務、
8、 同城軋差凈額清算業務
9、 國庫相關業務
10、通兌業務
11、支票圈存業務
12、支票截留業務
13、信息服務業務
大額支付系統只處理貸記支付業務；小額支付系統主要面向消費支付（借貸記）。
金額起點
目前，業務金額起點的原則“大額支付系統不設置金額起點，小額支付系統設置金額上限”。
小額支付系統的單筆金額上限貸記50000元，實時貸記和借記業務不設限制。
支付機制
大額支付系統按照國家法定工作日運行。系統將每壹個工作日分為日間業務處理時間，清算窗口時間、日終/年終業務處理時間營業準備時間段。受理業務時間：8:00－17:00；
小額支付系統實行7天×24小時連續不間斷運行。每日16:00進行日切處理，即前壹日16:00至當日16:00為小額支付系統的壹個工作日，小額支付系統資金清算時間為大額支付系統的工作時間。
小額支付系統日切後仍可正常接受小額業務，部分小額業務不再納入當日清算，自動納入次日第壹場軋差清算（遇節假日順延至節假日後的第壹個工作日）。
支付管理
各信用社必須選派業務水平高，責任心強，誠實可靠的會計人員擔任大額支付系統的操作工作，實行定期崗位輪換制度。大額支付系統工作人員由信用社負責審查任職資格，確定人選，縣聯社備案，在聯社清算中心建立大額支付系統工作人員的管理檔案。並接受聯社統壹培訓、考核。
大額支付系統操作人員變更時。應填制大額支付系統操作人員變動表。同時提出撤銷、建立操作員代碼申請，經信用社清算中心審批後，由聯社清算中心為調出調入人員撤銷、建立大額支付系統代碼。
大額支付系統操作人員嚴格遵循壹人壹碼制原則，對自己的操作代碼、密碼（個人識別碼）應嚴格保密，不得泄漏給任何人，不得設單壹數字或連續數字，不得使用初始密碼，應定期更換密碼，以防失密。
操作員臨時離崗，應退出交易畫面。臨時頂班人員不得使用原操作人員代碼及密碼，應重新申請操作員代碼。
支付權限
各級別授權人的權責劃分通過計算機系統強制實行。往帳發送業務：50萬－300萬由會計主管授權，300萬（含）以上由聯社清算中心授權。各級授權人不得越級授權。
為加強資金頭寸管理，各信用社發生100萬元（含）以上的匯劃業務時應由本社會計主管實時電話通知聯社清算中心。
支付業務
是：業務實時傳輸、發出待轉過渡、批量組包發送、接收自動掛帳、回執確認發送、實時軋差處理、定時日切對帳、批量凈額清算、24小時運行。
業務實時傳輸：指小額支付業務處理信息由櫃員錄入、復核完成後系統實時傳輸。
批量組包發送：指系統根據確定的筆數、金額、時間由系統自動對待發送小額支付業務進行組包發送處理。
接收自動記帳：指接收的貸記來帳及借記支付業務回執、收費業務、清算匯差等均由系統自動記帳完成。
回執確認發送：指對接收的借記支付業務均由錄入員扣款確認後，復核員復核後發送。
實時軋差處進：指小額支付業務在通過凈借記限額檢查後逐包實時進行軋差處理。
定時日切對帳：指根據人民銀行規定的日切時點，系統自動進行日切處理，日切成功，清算中心與人民銀行對帳，進行帳務處理。
批量凈額清算：指根據與人民銀行對帳結果形成的軋差凈額，系統批量自動清算帳務處理。
24小時運行：指小額支付系統實行7*24小時不間斷運行的模式。