冷戰結束後，美國繼續奉行從經濟上和政治上孤立古巴的政策。１９９２年４月，美國宣布不準許同古巴進行貿易的船只停靠美國港口、進壹步限制古巴的外匯收入等壹系列加緊對古巴實行經濟制裁的措施。同年１０月，美國又推出了“托裏切利法”，禁止本國公司和美國海外公司同古巴進行貿易。此法還規定，在古巴港口停泊過的外國船只半年之內不得進入美國港口，美國將不向給予古巴財政援助和貿易優惠的國家提供經濟援助，同時也不允許為古巴運貨的外國船只停靠美國港口等。１９９５年５月，古美兩國重新簽署移民協議，兩國關系有所緩和。
１９９６年２月，古巴擊落兩架美籍古巴流亡組織的飛機後，兩國關系再度緊張。同年３月，美國制定了“赫爾姆斯-伯頓法”，進壹步對古巴實行報復性強化經濟制裁，禁止美國公司及其在國外的子公司與古巴貿易；禁止在古巴進行投資或與其進行貿易的壹切外國公司進入美國；凡從古巴進口蔗糖等產品的國家，美將禁止從該國進口同類產品；阻止國際貨幣基金組織和世界銀行等國際金融組織對古巴提供任何貸款和金融支持。
２００４年５月，美國總統布什又提出在兩年內斥資５９００萬美元資助反古巴活動、將古巴僑民的匯款金額縮減壹半、控制旅美古巴人回國探親的次數等措施，對古巴進壹步實行經濟封鎖的加壓計劃。