1．貿易順差弱化了貨幣政策效應，降低了社會資源利用效率。外匯流入隨著貿易順差的增加而增多，在固定匯率和外匯結售匯制度下，中央銀行要以人民幣購買外匯，貨幣的投放隨著外匯流入的增多而遞增。隨著大量的人民幣被動地投入到流通領域，中央銀行的基礎貨幣賬戶更加受制於外匯的流入，不但削弱了中央銀行貨幣政策的效應，還導致物價水平上 升。貿易順差與國內居民儲蓄相結合，導致社會資源利用效率低下。貿易順差引起的大量外匯儲備高達4000多億美元，同時，國內居民儲蓄高達11萬億人民幣，兩者相加約有14多萬億人民幣。這14多萬億人民幣沒有形成有效投資，是經濟社會中的閑置資金，與這些閑置資金相對應的是生產資料和人力資源的閑置，社會資源利用效率低下。因而，中國出現了經濟增長和失業增加並存的現象。
2.貿易順差提高了外匯儲備成本，增加了資金流出。在國際金融市場上進行外匯操作總是有風險的，最明顯的是匯率風險。中國實行釘住美元的固定匯率，每當美元貶值和美國國內出現通貨膨脹，中國外匯儲備都隨之貶值，造成外匯儲備的損失。貿易順差越大，需要到國際金融市場上運營的外匯越多，國家外 匯儲備的成本越高。貿易順差增加了資金流出。在結售匯制度下，由於流入的外國資金都要轉換成外匯儲備，外匯儲備主要是儲備美元、歐元的債券。貿易順差越多，外匯儲備越多，外國債券越多，資金流出也越多。這兩方面形成了內在的矛盾：貿易順差引導外資流入，出口越多和外國直接投資越多，資金流入越多；貿易順差導致外匯儲備增加，外匯儲備越多，資金流出越多。
3．貿易順差導致經濟對外依存度過高，民族經濟發展空間狹窄，出口結構難以調整。
4．貿易順差影響了國內金融業利率市場化進程。
在利率市場化條件下，貿易順差意味著國內貨幣供給增加，自2003年下半年以來，中國經濟正面臨通貨膨脹的壓力，為了防範通貨膨脹對經濟的消極影響，中央銀行不得不維持現行的存款管制利率和 貸款浮動利率，從而推遲了利率市場化的進程。