商鋪賣100萬要繳納買賣合同差價的5.65%營業稅及附加，分為不同的檔次計算：小於等於50%，稅率為30%；大於50%小於等於100%，稅率
為40%；大於100%小於等於200%，稅率為50%；大於200%，稅率60%。
同時在扣除了營業稅和土地增值稅後，剩余的凈利潤再按照20%征收所得稅，具體稅種為：
1、個人所得稅：(評估價-原價)*20%或評估價*3%。
2、營業稅：(評估價-原價)*5.5%或評估價*5.5%。
3、土地增值稅：(評估價-原價)*30%至60%或評估價*30%至60%。
在商鋪稅收方面，買入較簡單，主要是買入合同金額的3%契稅和0.05%的合同印花稅。
如果是買二手漏行粗商鋪的話，下家還需繳納0.5%的交易手續費。
賣出的稅收計算比較復雜。首先，是買賣合同差價的5.65%營業稅及附加。
第二，是土地增值稅。按照買賣差價與原買入價計算得到利潤率，分為不同的檔次計算：
小於等於50%，稅率為30%;大於50%小於等於100%，稅率為40%;大於100%小於等於200%，稅率為50%;大於200%，稅率60%。
在扣除了營業稅和土地增值稅後，剩余的凈利潤再按照20%征收所得稅。
壹般業內估計商業地產賣出稅收時，以買賣差價的40%左右計算，誤差不大。
至於商鋪選擇的註意因素，需要壹定的投資眼光，具體項目要具體分析。
從合同風險上來說，投資者首先要註意項目產權年限，商鋪產權最長不超過50年，但如果開發商或者上家持有的時間較長，那就會減少妳所擁有的物業產權年限。
商鋪和辦公樓都屬於商業地產，投資商鋪，與妳有多少住宅無關。貸款方面，首付至少五成，利率是同期商業貸款基準利率的1.1倍，
貸款年限最長10年。貸款的資格與妳的住宅貸款記錄無關。
商鋪買家要交的稅：1、房地產交易手續費：3元/平方米。2、房屋登記費：550元/本(每增加壹本證書按每本10元收取工本費)。3、權證印花稅：5元/本。4、印花稅：房屋產價的0.05%。5、契稅：交易價(或評估價)×3%。商鋪賣家要交的稅：1、房地產交易手續費3元/平方米。2、印花稅：房屋產價的0.05%。3、土地增值稅：a、可提供上手購房發票的，土地增值稅=[轉讓收入-上手發票價(每年加計5%)-有關稅金]×適用返鎮稅率速算公式。b、不能提帶罩供上手購房發票的，土地增值稅=(轉讓收入-轉讓收入×90%)×30%。4、個人所得稅：據實征收為(轉讓收入-房產原值-合理費用)×20%，核定征收為轉讓收入×7.5%×20%。轉讓收入-房產原值-合理費用相當於個人凈收入。5、營業稅及附加稅：a、可提供上手購房發票的，為(轉讓收入-上手發票價)×5.5%。b、不能提供上手發票的，為轉讓收入×5.5%。c、稅費為差額的5.56%。6、土地出讓金：商業用途用房，按其網格點基準地價的35%計收;商業路線價區段路的商業臨街宗地，加收路線價的10%;辦公用途用房按其網格點基準地價的30%計收。7、土地出讓金契稅：按本次征收土地出讓金價款的3%征收。
法律依據：《中華人民***和國契稅暫行條例》第五條規定，契稅應納稅額，依照本條例第三條規定的稅率和第四條規定的計稅依據計算征收。應納稅額計算公式： 應納稅額=計稅依據×稅率 應納稅額以人民幣計算。轉移土地、房屋權屬以外匯結算的，按照納稅義務發生之日中國人民銀行公布的人民幣市場匯率中間價折合成人民幣計算。