（壹）辦公室
組織協調局機關日常工作；負責局機關文電、信息、調研、督辦、保密、機要、檔案、信訪、會務、資產、政務公開等工作；負責綜合性文稿的起草工作；負責有關信息化建設管理工作；組織辦理人大建議和政協提案工作；管理和協調局機關後勤行政及服務工作；負責社會治安綜合治理工作。
（二）政策法規科
貫徹執行有關交通運輸工作的法律、法規、規章，擬訂有關交通運輸政策；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔相關交通運輸行政執法的組織協調和監督工作；承辦政策調研、行政復議、應訴、聽證等工作；組織指導交通行業體制改革；承擔超限超載檢測站點的設置審核、上報工作；承辦執法培訓、執法證件申領以及執法服裝管理工作。
（三）規劃基建科
負責交通行業發展戰略研究，組織編制全市綜合運輸體系規劃，承擔有關協調工作；擬訂交通運輸行業規劃、計劃並組織實施； 參與擬訂現代物流業發展戰略和規劃； 負責綜合分析、預測行業經濟運行情況，引導行業優化結構、協調發展；承擔有關環境保護、利用外資、行業統計工作；負責公路、水路建設市場監管工作；貫徹執行公路、水路工程建設相關制度和標準並監督實施；組織協調交通重點工程建設和質量監督管理工作；承擔公路、水路重點工程設計的監督管理、施工許可、竣工驗收工作；指導公路、水路基礎設施管理和維護工作。
（四）運輸管理科
負責公路、 水路運輸市場監管的協調指導工作；指導城市客運交通管理工作，執行國家相關制度、標準並監督實施；負責道路運輸相關行政許可（審批）事項；協調道路、水路運輸及城市客運與其他運輸方式的銜接；承擔現代物流業發展的有關工作；承擔組織協調國家重點物資、緊急客貨運輸和節日運輸的有關工作。
（五）財務科
貫徹執行公路、水路規費征收政策和辦法並監督實施；承擔行業投融資的有關工作；承擔公路通行費收費站點設置及公路通行費、內河船閘收費標準的審核上報工作；負責編制市級交通運輸部門財政預算；承擔交通專項資金、預決算、政府采購、外匯、信貸有關工作；承擔受委托管理和政府投資形成的有關國有資產監管工作；指導局直屬單位財務和國有資產管理工作。
（六）人事科
負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制、離退休幹部、計劃生育等工作；指導交通運輸行業人才隊伍建設工作；負責實施交通運輸行業職業資格制度的有關工作；承擔局機關和直屬單位有關外事工作。
（七）科技科
貫徹執行公路、水路行業科技政策並監督實施，組織行業科技開發，推動技術進步；組織協調有關重大科研項目研究；承擔有關標準、質量和計量工作；指導公路、水路行業節能減排工作；指導行業教育、培訓工作，指導行業精神文明建設，負責局機關和本行業的宣傳工作。
（八）安全監督科
擬訂公路、水路安全生產政策、辦法和應急預案並監督實施；指導有關安全生產和應急處置體系建設；承擔有關公路、水路運輸企業安全生產監管工作；組織或參與處理有關事故調查工作，指導公路、水路工程建設和維護的安全生產工作。
（九）市交通戰備辦公室
負責全市交通戰備工作；規劃國防交通網絡布局，擬訂國防交通保障計劃；承擔國防運力動員、運力征用和交通戰備器材管理工作；組織協調市內軍事行動等重大活動的交通保障工作；承擔抗震救災、防汛等重大自然災害的交通保障工作；承辦市國防動員委員會的有關工作。
機關黨委 負責局機關和直屬單位的黨群工作，日常工作由人事科承擔。