根據《支付機構外匯業務管理辦法》（征求意見稿）第二條規定，跨境外匯支付業務包括但不限於：貨物貿易、服務貿易、收益及經常轉移、直接投資等跨境交易結算以及相關跨境資金清算或結算業務。
此外，根據《國家稅務總局關於跨境貿易人民幣結算企業出口退稅有關問題的通知》第五條規定，對於跨境貿易人民幣結算企業向海關報關的出口貨物為跨境貿易人民幣結算的，可直接按規定辦理退（免）稅，不需填報《出口退（免）稅申報表》及提供其他有關證明材料或其他憑證。
因此，跨境運費代收代付是否合規需要根據具體情況而定，如有疑問建議咨詢專業人士意見。