開發區分為喀什主體園區（含生產建設兵團分區）和伊爾克什坦口岸園區，其區域面積50平方公裏，包括喀什市40平方公裏（含生產建設兵團6平方公裏）、伊爾克什坦口岸10平方公裏。第四條 開發區的規劃、建設、發展和管理，堅持政策引導、市場運作，重點突破、分步實施，內引外聯、產業驅動，生態優先、統籌協調，創新機制、融合發展的原則，按照封閉式管理、開放式運營、自主式開發、壹站式服務機制運行。第五條 開發區應當為企業和個人創造良好的投資、研究、開發、經營環境和創業就業條件，依法保護其合法權益。第二章 管理機構及職責第六條 自治區人民政府在開發區設立喀什經濟開發區管理委員會（以下簡稱開發區管委會），作為其派出機構，行使自治區級管理權，負責開發區的統壹規劃，並對開發區喀什主體園區進行直接管理。
開發區管委會可以向自治區人民政府及其相關部門直接行文，其職能部門負責自治區權限內的審批、核準、備案等事項，需要國家審批的事項由自治區相關部門按程序報批。
克孜勒蘇柯爾克孜自治州人民政府根據授權，負責開發區伊爾克什坦口岸園區的建設與管理，享有與開發區管委會同等管理權。
開發區喀什主體園區兵團分區自行建設、自行管理，其管委會享有與開發區管委會同等管理權。第七條 開發區伊爾克什坦口岸園區和喀什主體園區兵團分區，業務接受開發區管委會的指導，並按要求向其報送項目申報、基礎經濟數據統計等公文、表格、資料。第八條 開發區管委會履行下列職責：
（壹）貫徹落實國家法律、法規和自治區地方性法規；
（二）行使國家、自治區賦予開發區的經濟管理和審批權限實行制度創新、政策創新和管理體制創新；
（三）編制和組織實施開發區總體發展規劃和各專項發展規劃，並依法進行環境影響評價；
（四）負責招商引資工作，按規定權限審批、審定、申報各類投資項目；
（五）負責開發區規劃建設，基礎設施和公***設施建設管理工作；
（六）負責開發區財政預決算、國有資產管理、投融資工作；
（七）負責開發區的項目申報、基礎經濟數據統計；
（八）根據規定權限負責開發區各類進出口行政事務；
（九）承擔與派駐地政府、部門及相關單位的溝通聯系和協調職責，履行開發區相應社會管理和社會服務職能；
（十）負責定期組織召開開發區園區工作協調會，***同研究開發建設、產業發展、招商引資等涉及開發區整體發展事宜；
（十壹）行使自治區人民政府委托的其他職權。第九條 開發區管委會指導、協調有關部門在開發區的派出機構、分支機構的工作，並按照精簡高效、機制靈活的原則，設立必要的職能機構，根據需要可以自主決定人員聘用和薪酬標準。第十條 自治區發展和改革、經濟和信息化、商務、國土資源、環境保護、工商行政、質監、地稅、國稅、海關、檢驗檢疫、邊防、金融監管、公安、道路運輸、路政海事、消防等主管部門可以在開發區設立機構或派駐監管人員，辦理業務，實施監督管理。第十壹條 開發區財政部門在業務上接受自治區財政主管部門的指導，其稅收分成以及企業和個人稅收減、免、退的認定按照國家和自治區的有關規定執行。第十二條 開發區管委會規劃土地建設環保主管部門根據委托，對開發區範圍內違反土地、規劃、房產、建設、環保等法律法規的行為，依法予以處罰。第十三條 設立喀什綜合保稅區，綜合保稅區管理委員會由開發區管委會管理，其業務接受海關的監督和指導，所屬功能和有關稅收、外匯政策按照國家有關規定執行。第十四條 開發區可以開展創新機制的先行先試，探索建立試錯免責機制。第三章 開發建設第十五條 開發區管委會按照國家、自治區批準的規劃和目標，組織實施開發建設工作。