(壹)系統性差，管理範疇變得模糊不清
規定自實施以來壹直沒有進行過全面修訂，‘雖然此後出臺了結售匯、進出口核銷、跨國公司外匯運營管理等諸多涉及境內外匯劃轉管理內容的規定，但這些規定雜亂分散，只是對原有法規進行臨時性、應急性的局部修補，大多是以部門規章或規範性文件方式發布，法規立法層次低、變動頻繁、穩定性差，缺乏系統、完整的管理辦法。由於業務監管的側重點不同，各項規定有時還會產生矛盾，造成境內外匯劃轉管理範疇模糊不清，在實際操作中業務歸屬難以判‘斷，影響了法規的統壹性和嚴肅性。
(二)適用面窄，無法滿足境內機構的基本需求
規定及其它涉及境內外匯劃轉的管理法規，在制定時充分體現了當時的優惠政策，許多條款是為了滿足外商投資企業等特殊群體的特殊待遇而制定的，對其他為數眾多的境內中資機構則並不適用。目前，隨著中外資企業所得稅率的統壹，各項政策都在逐步靠攏，現行的在外匯劃轉方面不壹致的規定已不符合時代的需要。
(三)局限性大．操作性差，難以適應業務發展的需要
由於境內外匯劃轉涉及的項目種類較多，包括貨物貿易、服務貿易和個人等，現行的管理規定並不能涵蓋所有項目，對於可能出現的壹些業務需求也沒有預留空間，從而限制了某些合理的業務需求。有些境內外匯劃轉業務只能采取先由劃出單位結匯，再由劃入單位購匯的方式解決，增加了不必要的業務環節和手續費支出。比較突出的矛盾主要有以下幾個方面：
1、特殊經濟區域貿易中產生的問題。壹方面，規定對於保稅區、出口加工區等特殊經濟區域明確，“區外企業以外幣計價結算向區內銷售貨物的，區內企業應當憑合同協議、發票、海關正本進口貨物報關單、登記證，從其外匯賬戶中向區外支付，不得購匯”，這就限定了區內企業向區外企業的劃轉前提，只能采取貨到付款方式。而在貨到付款方式下，由於出口報關單的傳遞時間從10天到3個月不等，造成區外出口企業無法及時收到貨款，無形中增加了企業經營成本，導致區外企業為了避免收匯風險而不願供貨，許多區內外的貿易因受外匯劃撥方式的限制而被迫取消交易。另壹方面，對區內企業與區外企業之間開展非貿易經營活動而引起的外匯劃撥(即計價結算)問題缺乏規範管理，無章可循。如對咨詢服務、技術服務、產品設計、提供勞務及形象策劃等引起的費用收支應該用人民幣還是用外匯結算，目前尚缺乏明確的法規依據。
2、集團公司內部外匯資源配置中的問題。由於企業集團各成員公司大都具有獨立的法人資格，按照現行規定，除個別情況外非同名企業間外匯資金不能劃轉，集團公司內部成員都不是同名企業，外匯資金不能綜合調劑使用，增加了企業成本。根據2004年發布的《國家外匯管理局關於跨國公司外匯資金內部運營管理有關問題的通知》規定，國內集團公司境內外匯劃轉可參照該規定執行，但由於該規定操作程序較為繁瑣，壹定程度上增加了集團公司的運營成本。當前，集團公司對於集團內外匯資金統壹運用、集中收付的要求非常迫切。
3、跨國公司外匯資金境內集中管理的需求難以滿足。提高資金使用效率是跨國公司內部資金運營的首要目標，為此，需要各成員公司之間相互調劑外匯余缺，進行資金收付匯的集中管理。但根據規定，不同境內機構之間不得在無真實貿易和投資背景的前提下相互劃轉外匯資金。因此，跨國公司內部各子公司之間存在用匯短缺與收匯過剩的矛盾，難以滿足集團內外匯資金自由調撥的需求。
4、銀行在辦理境內外匯劃轉方面存在的問題。對於境內外資銀行離岸賬戶之間的外匯劃轉、從壹家銀行經常項目外匯賬戶劃轉至另壹家銀行保證金賬戶等境內外匯劃轉業務，由於現行法規沒有明確具體的規定，銀行操作困難。
(四)缺乏有效的外幣清算體系，影響資金使用效
目前，我國尚未建立全國統壹的外匯清算體系，境內外匯劃轉效率低下。我國的境內外匯清算系統主要有以下幾種：壹是各商業銀行系統內外匯聯行清算，這壹系統不能滿足跨系統的清算需求；二是各商業銀行選擇壹家商業銀行(壹般是中國銀行)作為***同賬戶行進行外匯清算，但在競爭日趨激烈的情況下，這壹方式不利於形成公平、公正的競爭環境，如收費較高、費用不合理、清算速度慢等；三是通過外匯局進行清算，但不能完全辦理異地清算業務，也不是所有的銀行都參與進來。以上各個清算體系的種種弊端，造成了清算環節多、時間長、成本高、差錯率高等問題，而這些問題也會直接或間接地轉嫁到企業身上，影響企業外匯資金的運用效率。