5個直屬海關(伏努科沃機場海關、達馬特多瓦機場海關、謝列梅捷沃機場海關、中央消費稅海關和中央能源海關)，4個專門地區直屬海關；海關下127；海關監管點709個，監管口岸446個。
機構下設21個局(即機構監督總局、信息技術總局、海關監管總局、緝私總局、商品目錄和貿易管制總局、後勤保障總局、聯邦海關稅務局、財經總局、監察審計局、外匯監督局、法律局、行政局、幹部局、社會聯絡局)。
海關安全局、稽查局、海關合作局、海關統計分析局、調查局、強力安全局、法制局)；7個直屬地區海關局(位於俄羅斯聯邦7個行政區，即中央海關局、西北海關局、遠東海關局、南方海關局、西伯利亞海關局、烏拉爾海關局和伏爾加河海關局)。