手冊核銷，將所有報關單據加蓋海關驗訖章，提交海關加貿核銷部門審批核銷，海關會根據申報單據自動核銷，對料件退換或付出，只要手冊單耗持平或損耗在範圍之內均為核銷，所有申報也不可能超量。
加工貿易的核銷是指加工貿易單位在合同執行完畢後將《加工貿易登記手冊》、進出口專用報關單等有效數據遞交海關，由海關核查該合同項下進出口、耗料等情況，以確定征、免、退、補稅的海關後續管理中的壹項業務。核銷分為貸款核銷、壞賬核銷、進出口收付匯核銷、加工貿易的核銷等。
海關自受理企業報核之日起20個工作日內核銷完畢，特殊情況下，可以由直屬海關關長批準或者由其授權的隸屬海關關長批準，壹般10個工作日。
對未開設臺賬的加工貿易手冊，經核銷準予結案的，海關向經營單位簽發“核銷結案通知書”；經核銷情況正常且開設臺賬的，簽發“銀行保證金臺賬核銷聯系單”，企業憑以到銀行銷臺賬，其中“實轉”的臺賬，企業在銀行領會保證金和應得的利息或者撤銷保函，並領取“銀行保證金臺賬核銷通知單”，憑以向海關領取核銷結案通知書。
異地付匯是指進口付匯交易的兩個主體，即進口單位和辦理付匯手續的外匯指定銀行不屬同壹個外匯管理局管轄的，外匯指定銀行對該進口單位的進口付匯需憑備案表辦理。
進口單位應當在付匯次月5日前，根據實際進口未到貨情況和已到貨情況，及時向所在地外匯局報送貿易進口付匯未到貨核銷表、貿易進口付匯到貨核銷表及相應核銷憑證。
1、 往來核銷的方法 總賬中的核銷只以核算項目和業務編號為準。
對於業務編號，系統提供兩種方法：“業務編號相同核銷”和“業務編號不相同核銷”。業務編號在錄入憑證時錄入，如果沒有選擇“業務編號不相同核銷”選項，核銷時按業務編號進行核銷，列出業務編號相同但業務記錄相反的憑證的信息，類似應收款中的核銷管理，但總賬的核銷比較簡單，不按收款日期而是按業務發生日期，這樣在賬齡分析表中則不存在到期或是未到期的情況，賬齡的計算以業務的發生日期起、所有未核銷的業務至截止日的時間。如選擇“業務編號不相同核銷”選項，則沒有業務編號相同的限制，按順序進行核銷。所以用戶應慎用該功能，建議先進行業務編號相同的核銷，再進行業務編號不相同核銷，而且建議用手工核銷，這樣能保證核銷結果精確。
對於核算項目，如果要進行核銷的會計科目只帶有壹個核算項目，那麽需要保證核算項目完全相同的情況下才能進行往來核銷；如果會計科目帶的是多個核算項目，那麽用戶可以自行選擇是在核算項目組合完全相同的情況下核銷，還是選取核算項目組合中的某壹個核算項目相同進行核銷，關鍵在於核銷的過濾條件中是選擇了壹個核算項目進行過濾還是選擇核算項目組合進行過濾。
在核銷時，系統提供同壹個方向的發生額，但壹正壹負的情況，如應收賬款先錄入壹筆正的發生額100，而後又錄入了壹筆負數-50，這兩筆發生額都在借方，可以進行核銷，同理如果是同在貸方的壹正壹負的兩筆業務也同樣可以進行核銷。
在核銷中可以選擇不同的幣別，如果是外幣，對於原幣已經核銷為0但本位幣沒有為0的情況，應分開計算原幣和本位幣進行相應的計算。
在進行核銷處理時，此時顯示的是分錄的信息，通過查看憑證的按鈕則可以查看相應的會計憑證。
2、 核算項目和業務編號的要求 進行往來業務核銷時，如果過濾條件中選擇的是單個核算項目類別，那麽核銷雙方只要該類別下的核算項目完全相同，才能進行核銷；如果過濾條件中選擇的核算項目組合，則核銷雙方只有核算項目組合完全相同才可以進行核銷。
核銷時業務編號可以為空，業務編號都為空時，視為業務編號相同，可以進行核銷。
對於業務編號的要求，通過選項“業務編號不相同核銷”控制。如果不選該選項，業務記錄和業務編號不同，不可以進行核銷的處理，系統提供了嚴格的控制。如選擇該選項則對業務編號是否相同不控制。
3、 核算項目組合情況下的核銷處理 在核算項目是多個核算項目組合時，在核銷的過濾條件可以按照組合來核銷，也可以選取部分核算項目類別來進行核銷。只需要在核銷的過濾條件中選擇好要進行核銷的核算項目類別即可。
4、 外幣業務的核銷處理 在有外幣業務的核銷時，是分幣別進行核銷的，所以有可能出現原幣已為零而本位幣還有余額的情況。對此總賬中是通過調匯來進行結平本位幣的余額的。但是，對於調匯的憑證，因其是多筆業務的壹個合計數據，而且不是正常業務所產生的記錄，無法進行相應的核銷，所以在對外幣的核銷時，是按外幣來進行核銷的，本幣是直接取其的真實的發生額，由此所產生的差額，在用戶查詢賬齡分析表並按綜合本位幣查詢時，系統自動將原幣為零而本位幣不為零的憑證（如調匯憑證）的發生額加入賬齡分析表中，賬齡按憑證的業務日期與截止日期之間的差額來確定，這樣可保證賬齡分析表中的余額與真實的余額壹致。