貫徹黨的方針政策，做好黨務工作；抓好基層組織建設和思想建設；負責紀檢監察工作；負責集團工作和精神文明建設。
行政辦公室
組織協調局機關工作，負責局機關常務會議組織、重要報告和綜合文件起草、文秘工作、政務信息、保密、信訪、檔案和政策法規研究等工作。
人事教育組
負責局機關及下屬單位的人事、勞動工資和機構編制管理工作。負責整個系統的人員培訓。
規劃和財務科
組織制定公路、水路交通行業發展規劃和計劃；組織實施交通行業的產業政策；負責國家、自治區和地方政府投資利用的基礎設施建設項目的前期工作和後評價；負責交通行業的統計、預測和信息指導；指導交通行業財務會計和審計工作；管理與利用外資有關的專項資金、預決算、外匯、信貸和財務管理，審核交通建設各項專項資金。
公路路段
負責全市新建、改建、養護公路項目的預算、審批、施工、質量檢查和驗收；負責公路養護、綠化、水毀和路政管理及公路養護年檢；負責制定養護質量指標計劃並組織實施，負責公路統計。
運輸市場管理科
負責道路客貨運輸、裝卸搬運、出租汽車、汽車維修等行業的管理和協調服務；負責交通系統道路運輸安全管理工作；負責審批長途客運、新建運輸企業和民營經濟；規劃、培育、建設和發展運輸市場，指導企業經濟體制改革；指導和協調水上船舶管理，加強安全管理，監督事故調查處理。
科學和技術科
制定交通行業科技中長期發展規劃和年度計劃並組織實施，負責交通科技項目的實施；管理交通行業的標準和計量工作；負責新技術、新工藝、新材料的推廣應用，指導協調交通行業環境保護和質量技術監督工作。
交通戰備科
負責交通戰備建設，制定和實施交通保障規劃和計劃；組織、協調和管理應急交通戰備隊伍，處理好日常工作。