用戶需要對核銷單進行口岸備案時，點擊菜單欄內的口岸備案，用戶根據定義的多重條件查詢出符合定義的核銷單，點擊“核銷單號”，在“使用口岸”中輸入需要備案的口岸代碼或名稱（也可通過模糊輸入口岸名稱或代碼後按回車鍵，從彈出的下拉列表中選擇需要備案的口岸），然後用戶單擊確認，點擊確定，系統顯示“設置成功”，即完成了口岸備案操作。
特別提示： 已備案的核銷單要先進行“撤銷備案”操作並獲得確認後，才能再次進行口岸備案操作。
核銷單從外匯局領回來後，用於出口報關前，進行備案
2.1.企業交單（壹分壹分的交單）
用戶需將已使用的核銷單數據和報關單數據提交至主管外匯管理局。點擊“企業交單”菜單，系統進入核銷單查詢界面。定義多重查詢條件，系統列出所有符合用戶定義的核銷單及其交單狀態、外管局使用狀態、海關使用狀態、發單日期等信息，點擊需要交單的核銷單號，系統進入交單界面。點擊出口報關單和出口核銷單按鈕，可分別查看出口報關單核出口核銷單的具體信息。點擊返回可回到核銷單列表界面。點擊交單按鈕，系統提示用戶進行確認。點擊確定，系統提示“交單完成”，即完成企業交單操作。
特別提示： 點擊上壹單和下壹單按鈕可查看相鄰的核銷單（報關單）信息並進行交單操作。
2.2.批量交單（建議這種方法，比較保險，不會漏交）
用戶可將海關已使用的核銷單數據和報關單數據提交至主管外匯管理局。點擊“批量交單”菜單，進入核銷單查詢界面。定義多重查詢條件，系統列出所有符合用戶定義的核銷單及其交單狀態、外管局使用狀態、海關使用狀態、發單日期等信息。選擇需要交單的核銷單，然後單擊交單按鈕，系統提示用戶進行確認。
特別提示： 點擊全選按鈕可選擇該頁面下的所有核銷單，點擊清除按鈕可取消當前的選擇。單擊確定，系統提示“交單成功”，即完成了批量交單操作。
核銷單用於出口報關完畢，退回公司之後，用於出後收匯核銷前3個工作日進行交單