負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦綜合報告、文件起草、政務公開、保密、信訪等工作。指導交通行業應急體系建設。
(2)政策法規司。
起草交通行業地方性法規草案；承擔行政執法人員的培訓和考核工作；承辦交通行業的行政執法、行政復議和行政訴訟；承擔交通行業相關規範性文件的合法性審核；承辦新聞宣傳工作；指導交通運輸體制改革。
(3)綜合規劃辦公室(交通戰備辦公室)。
承擔交通行業發展戰略研究，編制交通行業中長期發展規劃和年度計劃，監督檢查交通基礎設施建設和維護計劃的實施；承擔大中型交通建設項目的行業審查和審批；承擔重點交通建設項目後評價工作；承擔交通戰備、交通環保、引進外資、交通統計等工作。
(4)財務部。
擬訂公路水運行業相關投融資政策；承辦專項資金、非稅收入、外匯、信貸、利用外資、政府采購初審等相關工作；編制部門預決算，負責機關及直屬單位財務會計制度建設、資金(資產)管理監督和績效評價；指導交通行業的會計核算和財務管理。
(5)基本建設管理處。
承擔公路、水路交通基礎設施建設的市場監管；制定公路、航道建設和養護的相關管理制度和技術標準，並監督實施；承擔公路水運工程質量和安全管理；承擔交通建設工程技術標準、規範、定額的管理工作；承擔勘察、設計、施工和工程咨詢、監理單位的資質審查和管理；承擔大中型公路水運工程的初步設計、施工圖設計審查和竣工驗收；指導農村公路建設。
(6)安全監督辦公室。
承擔交通運輸企事業單位水上交通安全和安全生產的監督管理；制定交通行業安全生產和勞動保護的規章制度並監督實施；對安全事故進行統計分析，參與重大事故的調查處理。
(7)科技教育司。
擬訂交通行業科技、教育和信息化發展規劃和計劃；實施重大交通科技項目、技術引進與開發、科技成果鑒定、推廣應用；承擔交通信息化、節能減排、技術標準、質量、計量等管理工作；指導交通行業成人教育和職業技術教育。
(8)審計局。
承擔交通建設項目和建設資金的審計監督；對下屬單位的重要經濟事項進行財務收支審計、管理審計、經濟效益審計和專項審計及審計調查；承擔辦公室負責幹部的經濟責任審計；指導和協調交通行業內部審計工作。
(9)人事部門。
承擔機關和直屬單位的機構設置和人事管理工作；承擔專業技術職務評聘和技師考評工作；承擔統戰工作、出國(境)審查、社區管理等相關工作。
政府機關黨委負責政府機關和直屬單位的黨群工作和目標績效管理。設立機關黨委辦公室。
離退休幹部部門負責離退休幹部工作。指導直屬單位離退休幹部工作。
省監察廳為紀檢監察機構，派駐省交通運輸廳監察室，與貴州省交通運輸廳紀委合署辦公，行政編制5名。其中，紀委書記1，副書記(監察室主任)1，監察室副主任1。