電影《反腐風暴3》講述了陸誌濂和劉保強分別調查腐敗和洗錢案件的故事。但隨著調查的深入，他們發現腐敗和洗錢案件有著千絲萬縷的聯系，同時也危機重重。
廉政公署首席調查員陸誌濂(ICAC)和聯合金融情報股首席督察劉保強(JFIU)分別調查了腐敗和洗錢案件，但沒有任何線索。此時，ICAC L組(內部紀律調查組)組長程德明接到舉報，稱陸誌濂受賄12萬，不能開脫，立即停職。
劉保強發現陸誌濂是被陷害的，並且與他們壹直在調查的洗錢案有著千絲萬縷的聯系。同時，他還懷疑新站銀行經理尤馨子協助犯罪集團洗錢。陸誌濂冒險登上王海鶴的豪華遊輪收集犯罪證據，卻被王海鶴囚禁。
生命懸於壹線。與此同時，陸誌濂發現流浪者重新陷害了自己，並記錄了相關證據，為自己平反。在廉政公署的幫助下，陸誌濂化險為夷，與劉保強壹起瓦解了這個龐大的洗錢集團。