二、“中國電子口岸－進口付匯系統”在“進口報關單聯網核查系統”現有功能的基礎上進行了升級和改造，提高了技術含量，增加了壹些功能。系統的新增功能主要有進口單位網上交單、外匯局查詢統計、綜合查詢以及核註結案輔助信息等，外匯局、銀行和進口單位在實際工作中應按以下規定操作：
（壹）網上交單功能。網上交單是進口單位通過口岸業務系統將進口報關單電子數據提交到擬辦理購付匯及核銷業務的銀行或外匯局。進行網上交單操作後，進口單位在實際辦理購付匯及核銷手續時可不攜帶電子口岸企業操作員IC卡。網上交單不是進口單位辦理進口購付匯及核銷手續的必須操作環節，進口單位可根據自身情況自主選擇是否進行網上交單操作。
（二）外匯局查詢統計功能。該項功能供外匯局用於統計銀行、外匯局核查操作業務量。外匯局在實際操作中，要嚴格控制此項功能的操作權限，盡量縮減操作次數，以減少系統壓力，保證系統的正常運行。
（三）綜合查詢功能。該項功能是外匯局、銀行和進口單位用於查詢進口報關單電子底帳的操作情況，包括交單、核註結案以及留單返回等操作的詳細信息。銀行和外匯局在使用綜合查詢功能時，只能查詢本部門業務員操作過的進口報關單歷次操作信息。
（四）核註結案輔助信息功能。為方便銀行和外匯局業務人員操作，提高核查效率，系統的核註結案界面增加了“單價×數量”、多項商品項下的“單價×數量總金額”以及“成交總價總金額”項目，輔助信息的電子底帳無需與紙制進口報關單內容核對壹致，只供業務操作人員在辦理購付匯及核銷手續時參考使用。
（五）留單返回功能。聯網核查操作後，系統自動設置默認該份進口報關單為“留單返回”，只有選擇“退單返回”方為退單狀態。
三、外匯局超級金融IC卡問題。“中國電子口岸－進口付匯系統”仍保留外匯局超級核查功能。外匯局口岸系統操作員IC卡辦理完畢後，如需要增設超級核查功能，需由總局通過中國電子口岸網進行功能授權。各省級外匯局將轄內分支局的IC卡超級核查功能申請匯總後，統壹上報總局。每個分支局原則上只可申請1張IC卡的超級核查功能，對業務量大或有其他特殊情況需要增加超級核查功能的，需單獨向總局申請。另外，外匯局要做好超級金融IC卡的管理工作，對相關業務人員調離、取消超級核查權限等情況，需逐筆報總局進行功能權限的取消。
四、中國電子口岸企業操作員IC卡的進口付匯權限問題。對於通過企業入網資格審查並由海關制發了電子口岸操作員IC卡的企業，可直接獲得進口付匯權限，無需外匯局進行授權審核。對於已在中國電子口岸辦理的出口收匯系統企業操作員IC卡，系統自動授予進口付匯操作權限，企業不需重新申請。
五、根據系統遷移的工作安排，2003年9月1日～10月4日為“中國電子口岸－進口付匯系統”及“進口報關單聯網核查系統”的並行期間。在此期間，對壹筆進口報關單辦理多次付匯及核銷業務的，相關的核註操作必須在同壹個系統上進行，外匯局和銀行應對有關業務嚴格審核、把關。
在此期間，中國電子口岸系統每日對兩個系統的進口報關單核註結案情況進行兩次比對，並於每天上午和下午將壹份進口報關單在兩個系統中重復操作的情況公布在“中國電子口岸－進口付匯系統”上，供外匯局查詢下載。外匯局要對本部門及所轄銀行操作的相關進口報關單比對信息認真進行核對，對發現的有關問題詳細記錄，留存有關原始單證，為事後相關數據調整做好準備工作。對在系統並行期間惡意做假導致超進口報關單金額購付匯及核銷的套騙匯等不法行為，壹經發現，外匯局應依照有關規定嚴肅查處。
六、外匯局和銀行要認真學習《中國電子口岸－進口付匯系統操作指南》，熟練掌握各項操作功能，嚴格執行相關規定。同時，還要采取各種形式加強對此次系統遷移工作的宣傳、解釋工作，使進口單位及時了解系統遷移的目的、意義和各種註意事項，掌握相關技術和業務操作流程，避免因為系統遷移工作影響進口單位付匯和核銷等各項正常業務的開展。