港股通投資者應在上海擁有人民幣普通股賬戶。同時，在試點初期，香港證監會要求內地投資者參與港股通僅限於證券賬戶和資本賬戶總余額不低於50萬元人民幣的機構投資者和個人投資者。
在實踐中，香港的股票通業務實行投資者適當性管理，由證券公司根據中國證監會和香港證監會在聯合公告中規定的準入資格標準和上海證券交易所的相關業務規則，對參與香港股票通業務的投資者資格進行核實，並要求投資者在了解投資風險的前提下完成必要的程序。
基於兩地市場規則的差異和對投資者權益的保護，滬港通業務的相關規則對投資者的交易方式進行了壹定的調整。主要包括:
第壹，滬港通只向雙方投資者提供限價單，不允許雙方投資者委托市價；
第二，回轉交易遵循對方交易所的規則，即香港投資者買入滬股通當天不能賣出股票，而內地投資者買入港股通當天可以賣出股票；
第三，滬股通和港股通都禁止裸賣空；
第四，不參與大宗交易，即內地投資者不得參與香港市場的場外交易(相當於大宗交易)，香港投資者不得參與滬市a股的大宗交易。