法律分析
非法經營可以免於起訴，但是需要符合條件。所謂可以免於起訴就是，在符合法定條件的情況下，但是既然是可以那就意味著檢察機關的態度非常重要，對於可以免於起訴的案件，檢察機關既可以起訴也可以不起訴的。需要根據案情來定，情節輕微的，可以不起訴，具體可以向案件負責的檢察院了解。非法經營罪是指違反國家規定，未經國家有關部門許可，擾亂市場經濟秩序的行為。非法經營罪脫胎於計劃經濟時代的投機倒把罪，免於起訴的情況有非法經營數額不滿四十萬和在非法經營活動中起到了次要的作用或輔助作用，如果員工對公司違法經營不知情的，可以不承擔法律責任。如果在非法經營活動中起到了次要的作用或輔助作用，則將會以其是從犯處罰，但是會從輕、減輕甚至於免除處罰。
法律依據
《中華人民***和國刑法》
第二百二十五條 違反國家規定，有下列非法經營行為之壹，擾亂市場秩序，情節嚴重的，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處違法所得壹倍以上五倍以下罰金；情節特別嚴重的，處五年以上有期徒刑，並處違法所得壹倍以上五倍以下罰金或者沒收財產：（壹）未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或者其他限制買賣的物品的；（二）買賣進出口許可證、進出口原產地證明以及其他法律、行政法規規定的經營許可證或者批準文件的；（三）未經國家有關主管部門批準非法經營證券、期貨、保險業務的，或者非法從事資金支付結算業務的；（四）其他嚴重擾亂市場秩序的非法經營行為。
第十六條 有下列情形之壹的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪：（壹）情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的；（二）犯罪已過追訴時效期限的；（三）經特赦令免除刑罰的；（四）依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律規定免予追究刑事責任的。