壹、法院刑事案件扣款如何處理？
1.在刑事案件偵查階段，偵查機關暫時扣押、凍結犯罪嫌疑人涉案款物後，發現與案件無關的，應當在三日內解除扣押、查封、凍結並予以返還。
2.法律依據:《中華人民共和國刑事訴訟法》第壹百四十四條
人民檢察院和公安機關根據偵查犯罪的需要，可以依照規定查詢、凍結犯罪嫌疑人的存款、匯款、債券、股票、基金份額和其他財產。有關單位和個人應當予以配合。
犯罪嫌疑人的存款、匯款、債券、股票、基金份額等財產已經被凍結的，不得再次凍結。
第壹百四十五條查封、扣押的財產、文件、郵件、電報或者凍結的存款、匯款、債券、股票、基金份額及其他財產，發現確實與本案無關的，應當在三日以內解除查封、扣押、凍結，並予以返還。
中華人民共和國刑法
第六十四條犯罪物品的處理對犯罪分子非法取得的所有財產，應當予以追繳或者責令退賠；對被害人的合法財產，應當及時返還；違禁品和用於犯罪的個人物品，應當予以沒收。罰沒財物和罰款壹律上繳國庫，不得挪用或者自行處理。
第二，如何在刑事案件中扣押財產
1.扣押物證和書證通常是在審訊或搜查過程中進行的。根據《刑事訴訟法》第114條的規定，在勘驗、搜查中發現的能夠用於證明犯罪嫌疑人有罪或者無罪的各種物品、文件，應當予以扣押；與案件無關的物品和文件不得扣押。
2.扣押的物品、文件應當與在場的見證人和扣押物品持有人核對清楚，當場制作清單壹式兩份，由偵查人員、見證人和持有人簽名或者蓋章，壹份交持有人，壹份備查。
3.扣押的物品和文件應當妥善保管或者封存，不得使用或者損毀。
4.偵查人員認為有必要扣押犯罪嫌疑人的郵件、電報時，經公安機關或者人民檢察院批準，可以通知郵電機關交有關郵件、電報檢查扣押。不再需要扣留時，應當立即通知郵電機關。
5.公安機關和人民檢察院根據偵查犯罪的需要，可以按照規定查詢、凍結犯罪嫌疑人的存款和匯款。犯罪嫌疑人的存款、匯款已經被凍結的，不得再次凍結。
6.對扣押的物品、文件、郵件、電報或者凍結的存款、匯款，發現確實與案件無關的，應當在三日以內解除扣押、凍結，返還原主或者原郵電機關。
以上是我整理的。根據刑事訴訟法的規定，在偵查刑事案件時，根據偵查的需要，可以查封、凍結、扣押犯罪嫌疑人的錢款。發現與本案無關的，應當在三日內解除查封、扣押、凍結並返還。涉及犯罪活動的，應當予以追繳、退賠。