（壹）辦公室。負責文電、會務、黨建、組織人事、檔案、機要、保密、政務信息、政務公開、督辦、接待、資產管理、綜合協調及後勤服務保障等工作。負責起草重要報告及綜合性文件。負責新聞宣傳。組織辦理人大代表建議和政協提案。負責離退休人員管理工作。負責組織交通行業扶貧、國防動員、交通戰備工作。協助做好郵政管理有關工作。
（二）政策法規科。負責研究綜合交通運輸發展重大問題，承擔綜合交通運輸體制改革工作，指導協調行業有關改革工作。落實綜合交通運輸地方性法規、政府規章。負責規範性文件的合法性審查工作。負責法律顧問、行政復議和行政應訴等有關法律事務。指導交通運輸綜合行政執法和隊伍建設工作，負責行業執法監督。負責行政審批工作。負責普法及執法人員培訓工作。指導超限運輸管理。貫徹執行交通規費和公路通行費有關政策。
（三）綜合規劃科。組織擬訂綜合交通運輸發展體系專項規劃，承擔有關協調工作。統籌銜接公路、鐵路、水路、民航、城市軌道交通和郵政專項規劃並提出草案，負責上報或出具有關規劃和建設項目的意見。指導綜合交通運輸樞紐規劃。參與擬訂物流業發展戰略和規劃，提出有關政策和標準。負責提出固定資產投資規模、方向和財政性資金安排建議並監督實施，按照規定權限提出公路、鐵路、水路、民航、城市軌道交通固定資產投資項目建議。負責行業環境保護和節能減排、利用外資工作。編制鐵路專項規劃，提出年度計劃建議，負責協調上級審批鐵路項目的報批等前期工作。配合國家鐵路建設工作，配合地方鐵路工程建設的監督管理。指導地方鐵路運輸市場監管。貫徹落實民航發展政策措施和管理辦法。負責協調民用航空項目前期工作。負責協調推進機場建設，參與機場建設管理監督檢查工作。協調空域資源開發利用工作。依法對民用機場的機場凈空等工作實施監管。配合機場行政管理有關工作，配合開展通用機場運營管理。協調省市垂直管理的鐵路、民航涉及地方的有關工作。
（四）綜合建設科。負責全區公路、鐵路、水路、民航、城市軌道交通等基礎設施建設管理和質量監督的行業管理，貫徹落實政策、制度、技術標準和實施辦法。負責公路、鐵路、水路、民航建設市場監管工作。負責提出公路建設工程設計審批建議、施工許可、造價管理、招投標管理、實施監督、竣工驗收工作。指導和監管環保設計、施工和驗收工作。負責公路管理、養護行業管理。擬訂地方公路發展政策措施及管理辦法並監督實施。編制公路專項規劃，提出年度計劃和項目立項審核建議。負責公路養護市場監管工作。負責公路基礎設施運營維護的監督管理工作。承擔路域環境整治工作。負責公路標誌標線管理工作。負責組織災毀搶修保通，監督公路災害防治及恢復工程的實施。指導農村公路工作，牽頭做好“四好農村路”工作。
（五）綜合運輸科。貫徹落實綜合運輸發展戰略、制度、基本公***服務標準，銜接各種運輸方式。編制綜合運輸體系規劃。擬訂綜合運輸計劃並組織實施，協調綜合運輸計劃。指導規範運輸市場秩序。指導運輸線路、營運車輛等管理工作。指導客運場站項目建設，協助物價部門實施運輸價格管理。指導物流市場有關工作。負責綜合交通運輸統計工作，監測分析交通運輸運行情況，發布有關信息。
（六）安全監管科。負責本行業安全生產監督管理工作。貫徹落實綜合交通運輸行業安全生產政策、擬定應急預案並監督實施。負責指導行業安全生產體系建設，監督執行有關安全生產法律、法規、政策和標準，負責交通工程項目安全生產的監督管理。依法組織或參與有關事故調查處理工作。指導有關公路、水路運輸企業安全生產監督管理工作。負責防災減災、自然災害和重大突發事件處置的組織、協調和指導工作。負責綜治維穩、信訪工作。
（七）財務科。貫徹落實綜合交通運輸行業財務管理規章制度並監督實施。貫徹執行交通運輸行業投融資政策。負責交通發展資金的管理、使用和監督。負責交通基礎設施建設融資、信貸、外匯等財務管理工作。負責預決算、政府采購及資產管理工作。負責機關財務工作。監督局屬事業單位財務工作。負責局屬事業單位預決算的匯總、審核、上報或審批。
（八）地方海事管理科。負責水路行業管理。貫徹落實水路運輸、工程維護、航務有關政策、制度並監督實施。編制水路專項規劃，提出年度計劃和項目立項審核建議。指導水路運輸工作。負責水路養護市場監管。負責水路工程建設項目的監督管理。負責航道養護管理。負責水上交通管制、船舶及有關水上設施檢驗、登記和防止汙染、水上消防、通信導航、船舶與港口設施保安監督管理工作。負責船員管理有關工作。負責提出水路有關事項的行政審批、核準建議。負責水上搜救應急工作。負責漁船檢驗和監督管理工作。貫徹落實水路有關規費政策並監督實施。