根據涉及的系統和業務的不同，電子資金劃撥可以分為小額電子資金劃撥和大額電子資金劃撥。前者是指自動櫃員機(ATM)、銷售點設備(POS)等系統，主要用於辦理零售業務；後者是指美國的電子轉賬系統(FED WIRE)和清算銀行間支付系統(CHIPS)，主要由貨幣、黃金、外匯和商品市場的經紀人和交易商以及商業銀行用於辦理批發業務。在國際支付中，主要涉及大額電子資金轉賬。
2.貸記轉賬和借記轉賬。
根據收款人或付款人啟動銀行程序的位置，電子轉賬可分為信用轉賬和債務轉賬。前者是指付款人啟動銀行程序進行電子轉賬；後者指的是收款人啟動銀行程序進行資金轉賬。通常，小額電子資金有時通過貸記轉賬，有時通過借記轉賬。但大額電子資金轉賬都是貸記轉賬，即付款人向銀行發送支付指令，指示銀行借記自己的賬戶，貸記收款人的賬戶。
目前，FED WIRE和CHIPS等大型電子資金轉賬系統都采用信用轉賬的支付方式。正因為如此，旨在調整大額電子資金劃撥關系的美國《統壹商法典》第4A部分將調整對象界定為信用劃撥關系。聯合國國際貿易法委員會也將其起草的調整大額電子資金劃撥關系的示範法命名為《國際信用劃撥示範法》。