灼口綜合征的臨床治療包括全身治療和局部治療。同時也要註意心理和行為的矯正，服用維生素b1、維生素b2、維生素b12等口服維生素進行系統治療。失眠抑郁患者可使用地西泮片等抗焦慮藥物，口幹者可口服溴己新。如果更年期癥狀明顯，且無明顯禁忌癥，可在婦科醫生指導下應用雌激素，並適當補充鋅、鐵、硒等微量元素。
局部治療應先消除局部刺激因素，或用維生素b1和維生素b12，加2%利多卡因，封閉雙側神經。也可以用2%到4%的碳酸氫鈉溶液漱口。如果疼痛明顯，可以在飯前用達克羅寧溶液和2%利多卡因漱口，減輕疼痛，方便進食。