在壹些重要的行政中心，比如克利馬內、伊尼揚巴內、洛倫佐？馬庫斯，葡萄牙雖然有大量的軍隊和居民，但訓練差，紀律松散，各自只專註於自己的權力擴張。因此，除了直接管理這些城鎮之外，葡萄牙很難對莫桑比克的其他廣大地區行使主權。當時的壹位殖民官員甚至承認，葡萄牙的行政權力甚至無法延伸到首都洛倫佐？距離馬奎斯3.2公裏。
從表面上看，贊比西河流域是葡萄牙唯壹可以行使行政權的內陸地區，給人壹種這裏有殖民統治的錯覺。事實上，葡萄牙在塞納、太特、宗博等要塞的駐軍十分稀少，根本無法與那些裝備精良、人數眾多的巴羅埃、莫諾莫塔帕、加沙抗衡？恩古尼人(加沙-恩古尼？)對比過。隨著熱帶疾病導致的兵力進壹步減少，這些葡萄牙士兵甚至難以保衛日益縮小的營地。
傳統的非洲社會堅決捍衛自己的獨立性，壹直在與任何損害其獨立地位的侵權行為作鬥爭。這不僅讓葡萄牙無法宣稱對莫桑比克擁有主權，也讓鞏固其在莫桑比克主導地位的措施難以奏效。例如，在莫桑比克北部，葡萄牙殖民軍於1853年被非洲人打敗，10年後又在安戈切被打敗。在南方，葡萄牙軍隊襲擊了加沙？恩古尼人不僅被打敗，就連當地的殖民官員也被迫將該地區的行政首都從索法拉遷至希洛安島，將大陸拱手讓給加紮？恩古尼人。
葡萄牙人在贊比西河流域遭受了慘敗。1867 ~ 1875年，為了控制這壹戰略要地，葡萄牙軍隊對統治馬桑加諾、不服從葡萄牙法令的大地主邦加發動了五次進攻，接連失敗。在最慘重的失敗中，葡萄牙軍隊只有1000名士兵幸存。
在此期間，不斷壯大的其他國家勢力，尤其是英國勢力，不斷向莫桑比克滲透，對本已脆弱的葡萄牙殖民統治構成嚴重威脅。到19的70年代，英國已經建立了商業定居點，從這裏可以深入到尼亞薩湖地區。英國在莫桑比克中部夏爾峽谷的活動越來越頻繁。與此同時，南非的阿非利卡人和德國人也試圖在馬尼卡高地的肥沃地區定居。
在莫桑比克南部，英國投資者正在首都洛倫佐擴張？馬奎爾的經濟影響力，攫取港口控制權。進入19世紀下半葉後，歐洲列強加緊了對非洲的掠奪。英國、德國、比利時和葡萄牙為爭奪東非展開了激烈的戰鬥。為了解決爭奪非洲殖民地的問題，歐洲列強於1884 ~ 1885年召開了柏林會議。在這個時候，葡萄牙在莫桑比克的控制僅限於幾個沿海定居點。
在這些定居點之外，葡萄牙根本不能行使任何行政權力。柏林會議期間，歐洲列強拒絕承認葡萄牙對莫桑比克的歷史所有權主張，但規定與土著人的契約和有效控制是承認各國殖民範圍的前提條件。
雖然柏林會議承認了葡對莫桑比克的控制，由於？歐洲病夫？葡萄牙本身是弱小的，英國和德國甚至達成了壹項秘密協議來瓜分葡萄牙的莫桑比克領土。在這壹歷史背景下，為了實現對莫桑比克的有效控制，葡萄牙於1885 ~ 1896年間對莫桑比克發動了新壹輪的軍事進攻。葡萄牙語實現？大棒加胡蘿蔔政策？壹方面，他們進行軍事威脅和攻擊，另壹方面，他們使用壹切手段哄騙和縱容，騙取當地貴族承認他們對莫桑比克的主權。
然而，葡萄牙的政策基本上失敗了。內陸地區的非洲人壹直反抗葡萄牙的殖民統治，堅持為維護主權和獨立而鬥爭。1891年，英國占領了夏爾峽谷和馬尼卡高地大部分肥沃地區後，與葡萄牙簽訂條約，劃分贊比西河流域，劃定莫桑比克和津巴布韋的邊界，從而名義上葡萄牙對莫桑比克的絕對主權得到國際社會的承認。
同年，德國占領了葡萄牙覬覦已久的魯烏馬河以北地區，並迫使葡萄牙在1894年簽訂協議，占領了魯烏馬河以南地區。？大棒加胡蘿蔔政策？葡萄牙的失敗和英德不斷的侵蝕政策促使葡萄牙政府采取了更加強硬的軍事進攻政策。可以說，從柏林會議開始，直到1902年馬桑加諾大地主的抵抗最終被消滅，葡萄牙軍隊幾乎沒有壹年不參戰。在莫桑比克中部的贊比西河流域，葡萄牙軍隊的進攻也遭到了激烈的抵抗。
當初葡萄牙希望通過財政補貼、封國、提供先進武器、默許現有的奴隸貿易特權等手段，收買當地大地主的忠誠。但這壹政策的實際結果是增強了這些大地主反對葡萄牙殖民統治的力量，增加了他們反對葡萄牙的資本。為了鏟除大地主與葡萄牙對抗的基礎，1880年，葡萄牙政府宣布取消大地主的土地特許權，其領土歸葡萄牙國王所有。
這壹政策引起了莫桑比克大業主的強烈抵制。Masangano的大業主Bournga是壹個顯著的例子。直到1886年去世，他都沒有放棄自己的主權地位。此後，葡軍壹直與其繼任者展開戰爭，最多時有7000名葡軍。1888年，在重炮的支援下，5000葡萄牙軍隊擊敗了馬桑加諾的軍隊。但其殘余部隊壹直戰鬥到1902，加入了鄰近巴羅埃人的獨立鬥爭。
在贊比西河流域的北部，從1896，葡萄牙對馬誇裏人發起了大規模的進攻。然而，馬克瓦人與反對葡萄牙統治的鄰國安戈切、基唐霍納和馬拉維蘇丹國聯合起來，共同打敗了葡萄牙軍隊。在隨後的10年間，葡萄牙軍隊壹直處於守勢。
1910年，葡萄牙派出4600余人的部隊，裝備重炮，向馬誇裏人及其盟友安貢社發起進攻。馬誇裏人不敵葡萄牙軍隊的優勢火力，年底投降。第二年，葡萄牙軍隊攻占了基坦霍納。至此，葡萄牙基本恢復了對北方的統治，除了姚地區。1912、葡萄牙派出3000人的軍隊，裝備精良，最終消滅了瑤族人民的抵抗。在殖民擴張的早期歷史中，葡萄牙政權專註於與印度和遠東的有利可圖的貿易，以及巴西的殖民化。
因此，在莫桑比克數百年的名義殖民統治期間，雖然葡萄牙在莫桑比克的影響力逐漸擴大，但影響力有限，主要通過被葡萄牙政府賦予廣泛自治權的殖民定居者和傳教士來實施。在奴隸貿易衰落的最初幾十年，葡萄牙人在莫桑比克建立了壹系列甘蔗種植園和棉花種植園，並發展了當地的紡織業和制糖業。
然而，這些經濟活動並沒有取得顯著的成功，莫桑比克的經濟很快就依賴於來自中國的移民工人返回的外匯，並提供從印度洋貿易到內陸國家的過境運輸。葡萄牙政府奉行的長期政策是著眼於歐洲定居者及其祖國的利益，而忽視莫桑比克人的福祉。由於這壹政策，莫桑比克的長期發展緩慢。