首先，屬性不同
小鼠在生物分類學上屬於脊椎動物、哺乳動物、嚙齒動物、鼠科、鼢鼠和小家鼠。
在生物分類學上，大鼠屬於脊椎動物、哺乳動物、嚙齒動物、鼠科、家鼠和褐家鼠。
第二，生活習慣不同
小鼠的生活習性:小鼠溫順，易捕捉，膽小，對外界刺激敏感，成熟早，繁殖能力強，壽命1~3年。新生的老鼠無毛，紅皮膚，閉著眼睛，耳朵粘在皮膚上。
壹周後開始爬行，12天雌鼠睜開眼睛。雌鼠35-50日齡性成熟，65-90日齡壹般適宜交配，妊娠期19-21日，每胎產8-12只。根據有無陰道栓可以判斷小鼠是否交配過。
老鼠的生活習性:老鼠喜歡咬人，白天經常擠在壹起休息，晚上活動，夜間活動量大，喜歡吃肉。對光和噪音敏感。大鼠2月齡性成熟，性周期4-5天，妊娠期19-21天，哺乳期21天，平均每窩8胎。
第三，生活用品不同。
鼠標通用產品線:
(1)近交系:
BALB/c小鼠形成了許多亞系，如BALB/cAnN、BALB/cJ和BALB/cCd。BALB/c小鼠的基因型為Aabbcc。C57BL小鼠的基因型為aaBBCC。毛色是黑色的。C57BL小鼠對Graffi白血病因子敏感。對麻疹病毒敏感。
不同於其它C57BL和C58的亞系C57BL/He和C57BL/An具有Ce元素的高效肝分解酶。C57BL小鼠適用於穴居和非地面生活小鼠，對逃避入侵的反應性不敏感。在無SPF環境下，餵食代孕鼠的雌鼠平均壽命為580天，雄鼠為645天。
用bag白化雌鼠和DBA雄鼠雜交，用Strong in 1920培育出和He小鼠。c，CBA，CH1，C121也是出自這個雜交組合。
②封閉群，又稱遠交群:
KM小鼠壹直是我國繁殖和使用最多的小鼠，廣泛應用於藥理學、毒理學等領域的研究，以及藥物和生物制品的生產和驗證。Hauschka是壹只1ICR小鼠，與瑞士小鼠群體壹起培育，旨在提高繁殖力。後來，美國癌癥研究所把它分發到各個國家進行繁殖實驗，被稱為ICR。
美國國立衛生研究院(NIH)培育了NIH小鼠。這件外套是白色的。老鼠的特點是繁殖能力強，存活率高，雄性好鬥。CFW小鼠於1973年由日本美國國家癌癥研究所首次引入中國。白毛LACA小鼠於1973年從英國實驗動物中心首次引入中國。
美國國立衛生研究院(NIH)培育了NIH小鼠。這件外套是白色的。老鼠的特點是繁殖能力強，存活率高，雄性好鬥。
(3)突變菌株
裸鼠1962，在英國非近交小鼠中偶然發現少數無毛小鼠。這只老鼠天生沒有胸腺，它的T淋巴細胞功能缺陷是由壹個隱性突變基因造成的。皮膚色素BALB\c-nu為淡紅色，眼睛為白色；C3H-努是灰白色的，眼睛是黑色的；C57BL-nu為深灰色至黑色，運動功能正常。
裸鼠胸腺內僅有殘余或異常上皮，不能使T細胞正常分化，缺乏成熟T細胞的輔助、抑制和殺傷功能。因此細胞免疫力低下，正常的T細胞功能喪失。
但其B淋巴細胞功能基本正常。成年裸鼠(6-8周齡)的NK細胞活性水平高於正常鼠，但手術鼠(3-4周齡)的NK細胞活性較低，裸鼠的粒細胞低於正常鼠。羅小鼠的發現為腫瘤學及其他研究提供了壹種罕見的模型材料。目前，小鼠已經成為醫學研究領域中不可缺少的實驗動物之壹。
Scid小鼠:嚴重聯合免疫缺陷小鼠。1983年，博姆薩在近交系C.B-17中發現了老鼠。Scid小鼠是由位於染色體16上的稱為Scid的單隱性突變基因引起的。Scid小鼠在外形上與普通小鼠差別不大，全身多毛，毛色為白色，體重發育正常。
而胸腺、脾臟、淋巴結重量不到正常重量的30%，組織學表現為淋巴細胞的顯著缺陷。胸腺被多個脂肪組織包圍，無皮質結構，僅有髓質，主要由上皮樣細胞和合成成纖維細胞組成，邊緣偶見竈性淋巴細胞群。脾臟白髓不明顯，紅髓正常，脾小體以網狀細胞為主，無淋巴細胞聚集。
淋巴結無明顯皮質區，麩區缺失，被網狀細胞占據。小腸黏膜下層和支氣管內淋巴聚集少見，結構內無淋巴聚集。特別值得註意的是，少部分Scid小鼠在青年期就能恢復壹定程度的免疫功能，這就是Scid小鼠的漏血現象。滲漏現象不是遺傳的，但與小鼠的年齡、品系、飼養環境有關。
Scid小鼠非常容易感染，在高度清潔的SPF環境中可以存活壹年以上。兩性均可生育，產仔數3-5只。Scid鼠是裸鼠出現後，人類發現的壹種非常有價值的免疫缺陷動物。Scid小鼠已廣泛用於腫瘤學和免疫學研究。
2.老鼠的常用物品
SD大鼠:生長速度快，繁殖性能好，多用於安全性試驗和營養與生長的研究。這種菌株對性激素敏感，對呼吸道疾病有很強的抵抗力。廣泛用於藥理學、毒理學、功效學和GLP實驗。
繁殖性能:產仔率:92 ~ 95%；平均產仔數:9.96 ~ 12.07；胎兒間隔:28 ~ 52天；斷奶成活率:95 ~ 98%。
Wistar大鼠:Wistar大鼠由美國費城的Wistar研究所培育。常用的既有自交系，也有近交群。它的皮毛是白色的，特點是頭寬，耳朵長，尾巴短於體長。Wistar大鼠性情溫和，性周期穩定，早熟多產，平均每窩約10。他們生長發育迅速，乳腺癌發病率低，對傳染病抵抗力強。
Fisher 344大鼠:簡稱F344大鼠，1920由哥倫比亞大學癌癥研究所的柯蒂斯培育。中國是從美國國立衛生研究院引進的。近交系老鼠的皮毛是白色的。
平均壽命2-3年，旋轉動力低，血清胰島素含量低。初級和次級脾紅細胞的免疫反應性低。乳腺癌、垂體腺瘤、甲狀腺腫瘤、睪丸間質細胞瘤發病率較高。廣泛應用於毒理學、腫瘤學、生理學等領域。
SHR大鼠:也稱為自發性高血壓大鼠，1963由日本杜菁大學醫學部Okamoto從Wistar大鼠培育。屬於突變鼠，毛色為白色。SHR大鼠自發性高血壓發生率高，無明顯原發性腎臟或腎上腺損傷，故心血管疾病發生率高。但其繁殖力和庫存壽命並沒有明顯下降。
ACL大鼠:ACL大鼠由哥倫比亞大學癌癥研究所的Curtis和Dunning培育。它屬於近親繁殖的老鼠。它的皮毛是黑色的，腹部和腳是白色的。平均壽命2-3年，易發生先天畸形，腫瘤發病率高。其後代矮小，繁殖力差，胚胎死亡率高。
第三，應用領域不同
1，鼠標應用領域:
(1)食品、化妝品、藥品和化工產品的新的安全性試驗，急性、亞急性、慢性和毒性試驗，致畸和致癌致突變試驗，半數致死量的測定等。
(2)生物效應測定和藥物效價測定廣泛應用於血清、疫苗等生物制品的鑒定，以及生物效應實驗和藥物效價測定。
(3)藥物的篩選試驗多從小鼠開始，篩選各種藥物對疾病是否有預防作用，通過篩選得出每種藥物的療效，再用其他動物進壹步肯定。
(4)微生物寄生蟲學研究小鼠對許多病原體敏感，特別是在病毒學研究中。適用於研究血吸蟲病、瘧疾、錐蟲病、流行性感冒腦炎、狂犬病、脊髓灰質炎、淋巴腺靜脈如腦膜炎、支原體、巴氏桿菌、沙門氏菌。
(5)小鼠對輻射反應的放射學研究與人類相當，可用於研究輻射劑量和輻射效應。
(6)腫瘤的研究白血病小鼠腫瘤發病率高，近交系組織相容性好，易於腫瘤移植生長，因此應用廣泛。通過小鼠自發性腫瘤可以篩選抗腫瘤藥物。可以誘發各種腫瘤，制作腫瘤模型，進行腫瘤病因學研究。近交系小鼠有的屬於高癌系，有的屬於低癌系，方便且有利於研究腫瘤發生。
(7)計劃生育研究小鼠發情周期和排卵規律，妊娠期指標明顯，容易檢測，價格便宜。常用於抗生育、抗著床、抗早孕、抗排卵實驗，非常適合避孕研究。
(8)鎮咳藥可用於研究小鼠的咳嗽反應，可用於研究鎮咳藥，成為必要的實驗動物。
(9)遺傳性疾病的研究小鼠品系較多，有些品系有自發性遺傳性疾病，如小鼠黑變病、白化病、家族性肥胖、遺傳性貧血等。與人類疾病相似，可作為人類遺傳性疾病的動物模型。
(10)免疫學研究各種免疫缺陷小鼠，如自身免疫性溶血性貧血的純新西蘭黑小鼠(NZB)、補體C5缺陷的AKR/N品系小鼠、B細胞免疫缺陷的CBA/N小鼠等。，都是研究免疫機制和免疫缺陷的良好實驗動物。
(11)老年學研究小鼠壽命短，傳代時間短，這使得它們在老年學研究中極為有用。許多抗衰老藥物可以在老鼠身上進行研究。
2.大鼠的應用領域:
(1)生理研究大鼠在生理研究中的特點是行為多才多藝。大鼠垂體-腎上腺系統發達，切除垂體很容易。可用於腎上腺、腦垂體和卵巢的內分泌研究。利用大鼠易適應新環境、易探索、易訓練、對懲罰和暗示敏感的特點，開展了行為學研究和高級神經活動的研究。
大鼠沒有膽囊，但膽總管較大，可以插管膽總管收集膽汁，研究消化功能。
(2)營養學研究大鼠是最早用於營養學研究的實驗動物，為人類營養學研究做出了突出貢獻。維生素D是通過研究老鼠發現的。由於大鼠為雜食性，解剖生理與人類相似，生長代謝快，因此對大鼠的營養學研究廣泛而細致，資料極其豐富，常用於維生素、蛋白質缺乏、氨基酸和鈣磷代謝的研究。
(3)代謝性疾病的研究可應用於大鼠研究代謝性疾病，如動脈粥樣硬化、澱粉樣變、酒精中毒、十二指腸潰瘍和營養不良。
(4)藥理研究:大鼠血壓和血管阻力對藥物反應敏感，適用於研究心血管藥物的藥理學。研究毒扁豆堿的升壓作用。此外，大鼠足趾水腫法是最常用的篩選方法，大鼠踝關節對炎癥反應敏感，用於關節炎藥物研究。大鼠也是藥物評價的主要實驗動物。
(5)腫瘤研究很多腫瘤可以移植到大鼠身上進行研究。大鼠易患肝癌，可以人工復制肝癌、食道癌動物模型。淋巴肉瘤可以皮下接種。
(6)大鼠毛色存在多種變異，可用於研究毛色記憶的遺傳，驗證孟德爾遺傳規律。患有遺傳性疾病的老鼠與人類有相似的表現。
腦積水、聽力障礙、耳聾、白內障、垂體性侏儒癥、無牙、無膽汁、下丘腦尿崩癥、肥胖、高血壓等都是很好的遺傳病動物模型，也可以制作成與人類相似的實驗性誘發遺傳缺陷的動物模型。
(7)傳染病研究用於研究副傷寒、流行性感冒、厭氧菌、假結核、黴菌、巴氏桿菌、葡萄球菌、串珠鏈球菌、黃曲黴和煙曲黴等微生物及其引起的傳染病。
(8)支氣管肺炎、多關節炎、化膿性淋巴結炎、中耳疾病、中耳炎等疾病的研究。肝切除60%至70%後，大鼠仍有再生能力，可用於肝臟外科實驗。
(9)牙科研究:給大鼠接種變形鏈球菌，然後餵含蔗糖的食物。大鼠齲齒在宏觀和微觀上與人類相似，可用於齲齒的研究。
(10)大鼠還可用於計劃生育的致畸學、避孕研究和放射學研究。