1.進出口單位遺失進出口貨物報關單的，應當以書面形式向原發證海關申請補發。
2.報關單電子數據保存期內(壹般為壹年)。原發證海關可直接調用通關庫打印補發報關單，並在補發的報關單左上角加註“補發”字樣，同時加蓋“驗訖章”。
3.對超過報關單電子數據保存期且自進出口之日起未超過三年的進出口報關單，進出口單位應向國家外匯管理局地方分局(以下簡稱外匯局)提交加蓋本單位公章的《情況說明》和《進出口貨物報關單證明聯》壹式三份(格式請咨詢當地海關)。
4、外匯局根據進出口單位的實際情況，審核進出口單位提供的相關單證和商業單據，通過“核銷單系統”和“出口核銷單系統”核實進口貨物報關單或出口核銷單未被核銷的，在“進出口貨物報關單”的外匯局備註欄中，加蓋“進口付匯核銷監管業務章”或“出口核銷監管業務章”，將“進出口貨物報關單。
5.進出口單位憑外匯局簽發的《進出口貨物報關單證明聯》向原簽發報關單的海關辦理相關手續。海關對備案的報關單進行核對無誤後，情況正常的，由主管海關人員簽字並加蓋“驗訖章”，壹聯備案，另壹聯退回進出口單位辦理收付匯核銷手續，無需補辦報關單證明聯。
6.進出口單位憑換發的進出口貨物報關單和《進出口貨物報關單證明聯》辦理收付匯，憑普通正本進出口貨物報關單辦理收付匯。