報關員的主要工作是根據國家法律法規和海關程序判斷某種貨物需要辦理哪些手續，準備相關單證，按要求進行報關並向海關申報，同時還要配合海關檢查，繳納相關稅費。
在壹些企業中，報關員除了報關外，還在商檢局辦理商品檢驗檢疫手續，在國家外匯管理局辦理外匯核銷手續，在外經貿管理部門辦理相應的審批手續。