1、性質不同
結構性存款，投資者將合法持有的人民幣或外幣資金存放在銀行，由銀行通過在普通存款的基礎上嵌入金融衍生工具（包括但不限於遠期、掉期、期權或期貨等），將投資者收益與利率、匯率、股票價格、商品價格、信用、指數及其他金融類或非金融類標的物掛鉤的具有壹定風險的金融產品。
保本理財產品，分保證本金保證收益及保證本金浮動收益兩類，都屬於低風險理財。保證和浮動說明了銀行承擔的風險不同。
2、風險不同
結構性存款相關風險：利率風險、匯率風險、流動性風險、信用風險、政策風險、市場風險、提前終止風險。保本型理財產品三大風險：房地產價格下跌壹半，資不抵債；災害造成房屋損壞，資不抵債；貸款逾期，法院怠於強制執行，短期內無法收回資金。
3、特點不同
保本類理財在協議中會有銀行承諾，無論發生任何問題銀行保證客戶到期可以拿回全部本金。
結構性存款特點：高收益：外匯結構性產品是在客戶自願承擔壹定風險的前提下，實現較高投資收益的產品。保本金：結構性存款通常是本金100%保護，客戶所承擔的風險只是利息可能發生損失，而本金不會有任何損失。流動差：結構性存款的流動性較差，客戶在結構性存款期間不得提前支取本金。
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