20世紀90年代中期，利用假單證、假批文、假印章進行的三假走私、騙匯、騙稅違法犯罪活動十分猖獗。據不完全統計，1997年全國海關***查獲三假走私案案值為人民幣15億元，1998年達到21億元。三假走私騙匯、騙稅對國家經濟造成了嚴重損害。按照國家外匯管理有關規定，企業出口貨物必須事先到外匯管理部門備案，然後在規定的時間內把出口貨物換取的外匯結算給外匯指定銀行。企業進口設備、原材料需要外匯時，只需要向外匯指定銀行出具海關簽發的進口報關單證明，就可以自由購匯。實際上1998年國家外匯大量流失的主要原因是，不法分子根本沒有進口貨物，而是通過制造假的報關單到銀行騙購外匯。
為了配合有關部門打擊騙匯、騙退稅活動，全國海關曾經采取了許多防偽措施，先後研制了3代防偽印油、2代激光防偽標簽，並且在所有海關簽發的報關單證明上加貼的激光防偽標簽和加蓋特防偽印油，進行單證防偽，並且配合外匯、國稅和銀行對進出口報關單進行二次核對。
1998年，海關總署和外匯管理局按照國務院領導關於要加快銀行、外匯管理局和海關之間的計算機聯網，加強對報關單和外匯進出口核銷工作的管理，從源頭上防止騙匯、逃匯違法活動的發生的指示精神，聯合開發了進口付匯報關單聯網核查系統，該系統通過海關與外匯部門的聯網核查來鑒別進出口付匯報關單的真偽，改變了靠書面單證防偽的做法，1999年1月1日該系統在全國推廣使用，並立刻收到了明顯的效果。主要表現在三個方面：
1．貿易順差和順收趨於平衡
1998年我國貿易順差435億美元，同年外匯順收只有47.8億美元。1999年進口報關單聯網核查系統應用項目推廣使用後，假報關單沒了，當年貿易順差293億美元，而外匯順收上升到235億美元，到2000年外匯順收趨於平衡。
2．三假走私案件減少
1996年全國海關查獲的三假走私案案值為人民幣7億元，1997年14.7億元，1998年21.2億元。1999年海關實行電子底帳 聯網核查新的管理模式後，三假案發案率大幅下降，案值只有3.1億元，2000年則基本為零。
3．促進海關稅收大幅增長
走私是個鏈條，包括購買走私貨物、運輸、銷售、調匯等許多環切，自1999年海關與外匯部門實行進口報關單聯網核查後，很大程度上切斷了走私的外匯資金渠道，使走私活動受到極大地遏制，因此，也促進了海關稅收大幅增長。據海關統計，1998年海關稅收879億元，1999年上升到1591億元，2000 年突破2242億元，連年保持海關稅收大幅度增收。
口岸電子執法系統采用電子底帳 聯網核查的管理模式，使有關部門之間可以通過計算機網絡直接核查對方的執法電子數據，從根本上防止了不法分子的造假機會。