綜合協調局機關政務工作；負責組織重要會議；起草重要報告和綜合性文件；負責值班、文秘、信息、機要、保密、安全、信訪、檔案、計劃生育和機關行政管理工作；制定機關的各項規章制度並組織實施；負責交通行業的綜合調查。
規劃部門的職能
負責起草全市交通行業中長期發展規劃和年度計劃；負責全市交通建設項目的前期工作和後評價；負責交通行業的統計、預測和信息指導；負責招商引資。
財務辦公室職能
指導全市交通行業的財務會計工作；編制局系統財務預決算；負責專項資金、收費、外匯、信貸和利用外資的管理；負責系統內部審計，管理機關財務資金。
工程管理辦公室的職能
負責交通運輸基礎設施建設管理(包括質量監督、建設監理、招標投標、工程定額和工程驗收等))，並參與建設項目的前期工作；培育和管理交通建設市場。
交通規費征稽處的職能
負責征收市內交通規費和車輛通行費。
人事勞動司的職能
負責局機關和直屬單位的人事、勞動、工資和機構編制工作。
組織宣傳部門的職能
負責幹部管理工作；負責基層黨組織建設和領導班子的思想政治作用；負責局系統的思想政治工作和精神文明建設；負責局機關離退休人員的管理和服務工作；負責交通和外事工作。
路政和運輸管理處的職能
負責全市路政管理和道路水路運輸管理。負責起草全市運輸市場發展的中長期和年度規劃；負責維護運輸市場平等競爭秩序，協調運價政策的制定和管理；負責局系統安全生產和公路水路運輸安全；管理和指導全市交通科技工作，制定全市交通行業科技發展規劃，負責重大科技項目的實施，參與管理全市交通行業標準和計量工作。組織協調全市地方交通戰備工作；配合有關部門做好國防動員工作。
政策法規司的職能
指導全市交通行業法制工作，負責交通行業政策研究；負責行業立法和行政復議；監督檢查交通行業法律法規的執行情況。