1938年3月，張乃器走馬上任。他嚴於律己，宣布“財務部門的經費也完全公開，包括主任的辦公經費，打破了過去主任安排經費的壞榜樣”。然後要求國民政府處死省教育廳廳長楊煉等腐敗分子，嚇跑了省建設廳廳長劉世安以下的區長、縣長等腐敗分子。同時嚴懲了壹批腐敗分子，沒收了壹批截留的稅收、公款和財政。他還厲行節約，禁止死人吃活工資，針對舊軍隊吃空崗的痼疾下猛藥，抵制官人情。廖雷接任李宗仁後，形勢更加嚴峻。下車之初他拉著張乃器的手問:“是不是財政還能支持？”
張乃器還真有辦法:壹是把不肯合作的省行總經理程免職，巧妙地避開省行無權發鈔的問題。先由省政府發行少量地方債，然後以債券為抵押，省銀行發行200萬元左右的小額本票作為貨幣應急。其次，也是最重要的，他設立了貨物檢查處，征收貨物檢查稅。原則是“查處敵占區與我區之間進出口物資的分類。運往我區敵占區的第壹類禁運物資是金、銀、銅、鐵、錫、腸衣、豬鬃等。，壹經發現立即沒收；第二類禁運物資是大豆、煙葉、棉花等。，被發現後可以退貨，但只允許在我區銷售；如果輸入敵占區的物資是鴉片和日貨，如日偽工廠生產的布匹、香煙、紙張、文具等，壹經發現，立即沒收；敵占區華商按規定納稅後放行。”這個很巧妙，平戰分明，敵我分明。他的商品檢驗稅制度深受百姓歡迎，迅速化腐朽為神奇，被國民政府推向全國。
此外，他還毅然決然地決定為民賣鹽七萬石，按市場原則收購糧食，顯示了他非凡的才能。他說，“只要這七萬石鹽真的到了老百姓手裏，不管以後大別山多緊張，敵人怎麽封鎖，我們也能撐壹個小時。”
當時的糧食收獲價格是1.4元/蒲式耳，這是壹個高價。國民黨內有人想買，但張乃器壹直堅持公平交易。他認為“即使糧價再高，這筆錢落到老百姓手裏，對我們穩定抗日根據地還是有好處的。從城鎮的財政角度來看，我們很快就可以看到壹個繁榮的局面，破壞敵人的封鎖。”
李宗仁說，張乃器“整頓賦稅，成效顯著”。“起初，在我們的想象中，敵後打遊擊戰異常艱難，但事實證明這是謬論。大別山根據地後來變成了敵後的天堂，比大後方更加安定繁榮。”張乃器主持安徽財政，為中央節省了400多萬元，在當時是壹筆不小的數目。他被推出去後，安徽的財政立刻陷入困境，廖雷後悔了，於是又擔心又生氣。
1940年6月，張與上海銀行合資成立上川實業公司，下設酒精廠、手搖發電機廠、機械廠、畜牧場，張乃器任總經理。他的判斷是準確的，而戰備物資極其匱乏。私人機動車幾乎得不到汽油，酒精廠生產的無水酒精可以替代汽油，因此獲利頗豐。太平洋戰爭爆發後，進口渠道被封鎖，原材料價格飆升。公司電機廠和機械廠存放的五金電料自然升值，公司資產無形中增加。
後來因經營問題從合資企業離職。他在1944年4月以大股東的身份用其5000萬美元的股份組建了另壹家上川實業公司，並擔任總經理。該公司開始專註於投資，但由於通貨膨脹、貨幣和價格波動，它改為本地產品營銷和進出口業務。戰後，公司將總部遷至上海，並在重慶、蘭西安、香港、臺灣省、東北、漢口等地設立了辦事處，在布局上很有活力。到1947年6月，公司* *擁有65438+萬股，法定資本1億元，他擁有27097股，可占總股份的2/3。有錢沒什麽，他更關心的是戰時整個民族工業的生存和發展。章乃器指出，“民族工業的現有基礎必須保存和發展，否則戰後將更難恢復。目前如果危機不救，90%的後方產業會倒向地下。如果民族工業崩潰，取而代之的將是帝國主義的侵略資本，利用政治權力與人民爭利的官僚資本，以及使國家難以賺錢的機會主義者。這三股勢力不僅破壞了抗戰，也導致了戰後經濟的雕零。為挽救民族工業於危亡，工業本身應成立研究所，為民族工業進行調查研究，宣傳呼籲，勇敢發聲，指出阻礙民族工業發展的反動勢力和錯誤政策，減輕工業的壓力。”
1943 9月1中國工業研究院成立，張乃器任院長。研究所是私立的，人員精幹，選題細致，成果反復，實用性強。這個研究所天然地充當著國家產業的主要研究咨詢機構和喉舌，經常就熱點、難點問題舉行討論，出版系列產業問題、參考資料、專題報告、會議紀要等。6月1943-6月11，公布物價指數、外匯市場、主要城市利息、國民年收入預決算、外商在華投資等。還主編了《工商手冊》40章60萬字，內容包括工商組織、管理、會計、法規、稅務等。，並邀請專家和政府職能部門負責人單獨編寫，有詳細的數據、公式和教材，受到商界人士的好評。1944期末，研究所出了兩個成果，分別是《行業當前困難》和《行業當前困難的解決方案》，解決實際問題。四十年代初是張乃器的又壹個理論高峰。此時他的主要經濟思想是:1。分析惡性膨脹，找出根本解決辦法。他巧妙地將“貨幣、物價、軍餉，比作三匹脫韁的馬，繞著圈子追來追去，卻又仿佛被鬼戲弄，永遠沒有人能追上。”最後，他們都同時倒下了。他認為“增加生產是穩定價格的最基本手段”。“2、控制熱錢的使用，實行國家產權登記制度。他認為，大後方物價飛漲的原因是“少數讓國家難以賺錢的奸商和貪官”利用他們的遊資進行投機，哄擡物價。雖然過去的通貨膨脹造成了巨量的熱錢，但目前的嚴重問題是，熱錢的力量已經超過了所有法定貨幣的數量，已經能夠控制整個商品市場，足以倒逼通貨膨脹。“他主張建立股票市場，鼓勵公共債務和儲蓄，這樣消費和積累才能良性互動。同時，他要求政府通過行政手段來調節商品的儲存、運輸和銷售，以穩定價格。當時馬寅初大罵官僚資本，孔祥熙很被動。他幾次想請張乃器寫壹篇反對馬寅初的文章，張乃器都不接受。張乃器還在6月《大公報》5438+0941 1撰文《從熱錢管制到國家財產總登記》，敦促凍結熱錢，規定法幣使用限額，促進票據流通，大力振興經濟；同時提出對國家土地、商品、外幣、有價證券、債券進行登記。3.設計行業的立體化發展要自由經營。他認為中國的戰時經濟體制應以德國式的管制為主，英美式的自由為輔，構建了自己的“立體工業發展理論”。他說，“現代戰爭是立體戰爭，現代工業發展也應該是立體發展。“產業組織和技術的單向發展，只能是技術的重復建設和浪費，有量無質。他全面地提出了對士兵生產的八項要求:“壹、適當分配工業區；第二，統籌產業資金供給；第三，建立工業生產計劃；d .管理原材料力量和技術；5.執行工廠審批制度；自律，嚴格生產標準化；g .確定產業安全。”他建議“經濟部要有強大的技術隊伍，既要容納國內壹流的技術專家，又要盡快展開外交活動，邀請更多的英美蘇有經驗的技術專家擔任工業立體的指導。" 4.對如何發展民族工業和利用外資提出意見。他認為戰後必須克服兩個問題:如何最大限度地利用國內私人資本，避免資本主義；< 2 >如何在保護民族產業的同時最大限度地吸引外資。他主張制定法律保護民族工業，鼓勵民族工業擴大規模，與外部世界競爭。