(1)納稅範圍審核。我國增值稅條例相關規定，凡在中華人民共和國境內銷售貨物或者提供加工修理修配勞務以及進口貨物的單位和個人，均應繳納增值稅。審查時，應在充分調查企業生產經營範圍的基礎上，核實企業生產經營項目是否屬於增值稅納稅範圍。要註意加工修理修配業務是否與壹般勞務相混淆，從而不繳納增值稅，銷售貨物是否與銷售不動產相混淆，不繳納增值稅。
(2)計稅依據的審查。計稅依據的審查是審查計稅依據中的銷售額是否正確。銷售額，是指納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務向買方收取的價款總額。審核時首先要關註應納稅所得額是否及時轉化為銷售額，各種價外收入是否不計入銷售額。其次，要關註委托他人銷售商品、代銷商品、采購商品並交付給客戶、將自產或委托商品用於非應稅項目、集體福利、個人消費或分配給股東和投資者是否計入銷售額，是否存在低估銷售額的情況。再次，要註意外匯市場價格是否折算成人民幣計算應納稅額，是否存在折算誤差。
(3)稅率的審查。在審核時，首先要關註稅率為13%的貨物是否符合增值稅暫行條例的規定，應征稅17%的貨物是否征稅13%。其次，需要註意的是，出口貨物稅率為零，不存在出口貨物按出口貨物征稅的情況。再次，要註意不同稅率的貨物或應稅勞務的銷售額是否分別核算，以便計算不同稅率的應納稅額。如果企業不單獨核算銷售額，是否從高水平確定適用稅率，就沒有辦法從低水平確定適用稅率。
(4)計稅審核。
(1)進項稅審查。所謂進項稅，是指當期購進貨物或者應稅勞務所支付的增值稅。進項稅的審核應從兩個方面進行:壹是要查清進項稅計算的正確性。壹是核實從銷售方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅金額的正確性；二是核實從海關取得的完稅證明上註明的增值稅的正確性，重新計算進口貨物的應稅價值構成是否符合要求；三是購買免稅農產品可抵扣的進項稅額，可以按照進價和10%的抵扣率重新計算，以檢驗進項稅額計算的正確性。其次，要搞清楚銷項稅抵扣進項稅的範圍是否符合規定。審核中需要註意的是，企業購買固定資產、非應稅勞務、購買無形資產、不動產、在建固定資產等，按規定不應納入進項稅抵扣範圍。企業生產經營中因自然災害造成的損失，如貨物被盜、黴變、變質等因管理不善造成的非正常損失，不計入進項稅額的抵扣。審核時，應核實當期購入的固定資產、無形資產、不動產和在建工程的內容，是否明確劃清了非應稅服務和應稅服務的界限。檢查“固定資產”、“無形資產”、“在建工程”等科目的借方內容即可發現；另外，結合“待處理財產損失溢余”、“管理費用”、“營業外支出”等科目反映的內容，可以發現企業發生的非正常損失是否從進項稅額中扣除。
②銷項稅回顧。所謂銷項稅，就是按照稅率計算並向買方收取的增值稅。銷項稅等於銷售額和稅率的乘積。銷售額是增值稅的稅基，所以也是增值稅審核的重點。根據增值稅的規定，銷售額是納稅人銷售貨物和應稅勞務向購買方收取的全部價款和價外費用，但不包括銷項稅額。銷售審核的重點是核實企業對銷售貨物和應稅勞務的確認是否正確。
壹是審查銷售商品確認書的正確性:
首先，應結合對企業主營業務收入的審查，驗證企業是否對銷售收入有低估、遺漏和錯估。同時也要審核銷售收入確認的範圍、時間、金額是否正確。
其次，應結合對企業主營業務收入的審查，查明是否按規定入賬，確認銷售商品的行為。此外，還應采取調查的方式，了解企業應視同銷售商品的相關業務是否存在遺漏、遺漏和誤算。
再次，要審查企業銷售商品時收取的價外費用是否計入銷售額，即查明企業收取的手續費、補貼、獎勵費、違約金、包裝費、包裝租金、儲備費、運輸裝卸費、收款資金、預付資金等價外費用是否計入應稅銷售額。審核時，除核實上述價外費用是否計入應稅銷售額外，還應檢查應收賬款等業務內容，了解上述費用是否計入增值稅的計算。
二是審查應稅服務確認的正確性:
應稅服務，是指向受托企業提供加工、修理修配服務。審核時，首先要搞清楚應稅服務是否真的存在。可以從驗證加工合同、修理修配協議等相關憑證入手，通過驗證與車間相關的業務生產記錄，確認應稅服務的真實性。此外，還可以詳細審核“產品銷售收入”科目明細賬的內容，驗證應稅服務確認的正確性。