壹、作用不同：
1、銀行間債券市場：
有調節貨幣流通和貨幣供應量，調節銀行之間的貨幣余缺以及金融機構貨幣保值增值的作用。
2、銀行間貨幣市場：
提供銀行間外匯交易、人民幣同業拆借、債券交易系統並組織市場交易；提供外匯市場、債券市場和貨幣市場的信息服務等。
二、交易方式不同
1、銀行間債券市場：
以詢價方式與自己選定的交易對手逐筆達成交易；
2、銀行間貨幣市場：
以定期存款單、商業票據，銀行承兌匯票等方式進行流通交易。
擴展資料
銀行間債券市場目前已成為我國債券市場的主體部分。記賬式國債的大部分、政策性金融債券都在該市場發行並上市交易。
完善銀行間市場的債券交易和結算代理制度，積極推動開展對尚未進入銀行間債券市場的中小金融機構以及非金融機構的代理業務，有利於擴大銀行間債券市場的覆蓋面.
票據市場作為貨幣市場的壹個子市場，在整個貨幣體系中票據市場是最基礎、交易主體中最廣泛的組成部分。票據市場可以把“無形”的信用變為“有形”，把不能流動的掛賬信用變為具有高度流動性的票據信用。
百度百科-銀行間債券市場
百度百科-銀行間市場